英特尔编译器 - 无法在 R 中安装需要 eventloop.h 的包

Question

似乎我无法在 R 中安装任何需要编译任何文件的包。 eventloop.h

我使用英特尔编译器对 R 进行了自定义安装，并链接到英特尔 MKL BLAS 库。

这是我得到的具体错误：

> install.packages("setwidth")
Installing package into ‘/usr/local/lib/R/site-library’
(as ‘lib’ is unspecified)
Selection: 77
trying URL 'http://streaming.stat.iastate.edu/CRAN/src/contrib/setwidth_1.0-3.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 3789 bytes
opened URL
==================================================
downloaded 3789 bytes

* installing *source* package ‘setwidth’ ...
** package ‘setwidth’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** libs
icc -std=c99 -I/usr/local/lib/R/include -DNDEBUG  -I/usr/local/include    -fpic  -O3 -ipo -xavx -openmp  -c setwidth.c -o setwidth.o
In file included from setwidth.c(4):
/usr/local/lib/R/include/R_ext/eventloop.h(73): error: identifier "fd_set" is undefined
  extern InputHandler *getSelectedHandler(InputHandler *handlers, fd_set *mask);
                                                                  ^
... more of the same ...

                  ^

compilation aborted for setwidth.c (code 2)
make: *** [setwidth.o] Error 2
ERROR: compilation failed for package ‘setwidth’
* removing ‘/usr/local/lib/R/site-library/setwidth’

The downloaded source packages are in
    ‘/tmp/RtmpXuQs4W/downloaded_packages’
Warning message:
In install.packages("setwidth") :
  installation of package ‘setwidth’ had non-zero exit status

请告诉我您可能需要的任何其他信息，以帮助我解决此问题。

编辑：

我尝试添加

R_XTRA_CFLAGS = -I /src/include -I /src/include/sys 

到我的 ~/.R/Makevars 文件，因为 fd_set 是在 /sys/select.h 中定义的

编辑：

所以这个问题不会出现在每个包中，只有需要某些 R 标头的包才会出现。到目前为止，我只对某个作者编写的包有问题（将 R 与 VIM 集成所需的所有包，http://www.lepem.ufc.br/jaa/vim-r-plugin.html）有人有什么想法吗？

编辑：

似乎是编译器问题：

gcc -I /usr/include/ -I /usr/local/lib/R/include/ -c setwidth.c

不过有效

icc -std=c99 -I /usr/include -I /usr/local/lib/R/include  -O3 -ipo -xavx -openmp -c setwidth.c

没有

Answer 1

让我们稍微备份一下：

1. Ubuntu 与 R 一起使用非常广泛。

2. 你可以只安装prebuilt current binary from CRAN

3. 然后您可以添加 MKL，因为 BLAS 由于其标准接口而可以互换。 （这经常被误解；有关详细信息，请参阅我的gcbd vignette）

4. 通过使用更常见的设置，您可以轻松编译包，或获取预构建的包。

5. 然后您可以更仔细地研究一下您的英特尔 icc 设置。

目前它已损坏，您可以保留这两部分。

编辑：为了更清楚，在标准的 Ubuntu 系统上使用 CRAN 关闭的 Ubuntu 二进制包：

edd@max:~$ install.r setwdith
Warning message:
package ‘setwdith’ is not available (for R version 3.0.2) 
edd@max:~$ install.r setwidth
trying URL 'http://cran.r-project.org/src/contrib/setwidth_1.0-3.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 3789 bytes
opened URL
==================================================
downloaded 3789 bytes

* installing *source* package ‘setwidth’ ...
** package ‘setwidth’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** libs
ccache gcc-4.8 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG      -fpic  -O3 -g0 -Wall -pipe -pedantic -std=gnu99  -c setwidth.c -o setwidth.o
ccache gcc-4.8 -shared -o setwidth.so setwidth.o -L/usr/lib/R/lib -lR
installing to /usr/local/lib/R/site-library/setwidth/libs
** R
** preparing package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** testing if installed package can be loaded
* DONE (setwidth)

The downloaded source packages are in
    ‘/tmp/downloaded_packages’
edd@max:~$ 

这里的install.r 是我的littler 包中的脚本；编译器设置是我通过（真棒）ccache 工具包装的默认设置。

Answer 2

不确定这是否是一个合适的解决方案，但当我窥视 /usr/local/lib/R/include/R_ext/eventloop.h 内部时，我在包含语句中看到以下内容：

#ifndef R_EXT_EVENTLOOP_H
#define R_EXT_EVENTLOOP_H

#ifndef NO_C_HEADERS
#ifdef HAVE_SYS_SELECT_H
# include <sys/select.h>    /* for fd_set according to recent POSIX */
#endif
/* NOTE: Needed at least on FreeBSD so that fd_set is defined. */
# include <sys/types.h>
#endif

如您所见，sys/select.h 仅包含在某些变量 HAVE_SYS_SELECT_H 的条件下。我拿出了这个条件语句：

#ifndef R_EXT_EVENTLOOP_H
#define R_EXT_EVENTLOOP_H

#ifndef NO_C_HEADERS
# include <sys/select.h>    /* for fd_set according to recent POSIX */
/* NOTE: Needed at least on FreeBSD so that fd_set is defined. */
# include <sys/types.h>
#endif

并且包编译（和安装）成功。如果有人对为什么这个特定变量 HAVE_SYS_SELECT_H 没有正确定义有任何见解，请告诉我。