如何将两个 RMarkdown (.Rmd) 文件组合成一个输出？

Question

我在同一个文件夹中有两个文件：chapter1.Rmd和chapter2.Rmd，内容如下：

chapter1.Rmd

---
title: "Chapter 1"
output: pdf_document
---

## This is chapter 1. {#Chapter1}

Next up: [chapter 2](#Chapter2)

chapter2.Rmd

---
title: "Chapter 2"
output: pdf_document
---

## This is chapter 2. {#Chapter2}

Previously: [chapter 1](#Chapter1)

我怎样才能将它们编织成一个单独的 pdf 输出？

当然，render(input = "chapter1.Rmd", output_format = "pdf_document") 可以完美运行，但 render(input = "chapter1.Rmd", input = "chapter2.Rmd", output_format = "pdf_document") 不行。

我为什么要这样做？将giant document 分解为逻辑文件。

我已经使用 @hadley 的 bookdown 包从 .Rmd 构建乳胶，但这对于这个特定任务来说似乎有点过分了。是否有使用我缺少的 knitr/pandoc/linux 命令行的简单解决方案？谢谢。

Answer 1

这对我有用：

Rmd_bind <- 
    function(dir = ".",
    book_header = readLines(textConnection("---\ntitle: 'Title'\n---")))
{
    old <- setwd(dir)
    if(length(grep("book.Rmd", list.files())) > 0){
    warning("book.Rmd already exists")
    }
    write(book_header, file = "book.Rmd", )
    cfiles <- list.files(pattern = "*.Rmd", )
    ttext <- NULL
    for(i in 1:length(cfiles)){
    text <- readLines(cfiles[i])
    hspan <- grep("---", text)
    text <- text[-c(hspan[1]:hspan[2])]
    write(text, sep = "\n", file = "book.Rmd", append = T)
    }
    render("book.Rmd", output_format = "pdf_document")
    setwd(old)
    }

想象一下有一个更好的解决方案，如果在 rmarkdown 或 knitr 包中有这样的东西会很高兴。

Answer 2

2018 年 8 月更新：此答案是在 bookdown 出现之前编写的，这是一种编写基于 Rmarkdown 的书籍的更强大的方法。查看@Mikey-Harper 的answer 中的最小bookdown 示例！

当我想将大型报表拆分为单独的 Rmd 时，我通常会创建一个父 Rmd 并将章节包含为子级。这种方法很容易让新用户理解，而且如果您包含目录 (toc)，则很容易在章节之间导航。

report.Rmd

---  
title: My Report  
output: 
  pdf_document:
    toc: yes 
---

```{r child = 'chapter1.Rmd'}
```

```{r child = 'chapter2.Rmd'}
```

第一章.Rmd

# Chapter 1

This is chapter 1.

```{r}
1
```

chapter2.Rmd

# Chapter 2

This is chapter 2.

```{r}
2
```

构建

rmarkdown::render('report.Rmd')

产生：

如果您想要一种快速的方法来为您的子文档创建块：

rmd <- list.files(pattern = '*.Rmd', recursive = T)
chunks <- paste0("```{r child = '", rmd, "'}\n```\n")
cat(chunks, sep = '\n')
# ```{r child = 'chapter1.Rmd'}
# ```
#
# ```{r child = 'chapter2.Rmd'}
# ```

Answer 3

我建议人们使用 bookdown 包从多个 R Markdown 文件创建报告。它添加了许多有用的功能，例如交叉引用，这对于较长的文档非常有用。

改编自 @Eric 的示例，这里是 bookdown 设置的最小示例。主要细节是主文件必须被称为index.Rmd，并且必须包含额外的YAML行site: bookdown::bookdown_site：

index.Rmd

---
title: "A Minimal bookdown document"
site: bookdown::bookdown_site
output:
  bookdown::pdf_document2:
    toc: yes
---

01-intro.Rmd：

# Chapter 1

This is chapter 1.

```{r}
1
```

02-intro.Rmd：

# Chapter 2

This is chapter 2.

```{r}
2
```

如果我们 Knit index.Rmd bookdown 将按字母顺序合并同一目录中的所有文件（可以使用额外的 _bookdown.yml 文件更改此行为）。

一旦您熟悉了这个基本设置，就可以很容易地使用额外的配置文件（例如 _bookdown.yml 和 _output.yml）自定义 bookdown 文档和输出格式

进一步阅读

• R Markdown: The definitive Guide：第 11 章提供了一个很好的 bookdown 概述
• Authoring books with bookdown 提供全面的订书指南，建议了解更高级的详细信息。