Python - CSV 到 networkx 格式答案

【问题标题】：Python - CSV to networkx formatPython - CSV 到 networkx 格式
【发布时间】：2018-03-02 08:13:02
【问题描述】：

我想从存储在 CSV 中的数据创建一个带有 networkx 包的网络。 CSV 文件中的数据由两列组成，如下例所示。同一边组内的所有节点相互连接（即在 E1 组中（3 个元素）；有：ABC -> BCD，BCD -> DEF，ABC -> DEF）。

在 Python 中转换此类数据以获得 networkx 包的输入的最佳方法/实践是什么？

边节点 E1 ABC E1 BCD E1 防御 E2 ABC E2 BCD E3 ABC E3 BCD E3 CDE E3 防御

【问题讨论】：

标签： python networkx

【解决方案1】：

作为图形规范，您的格式似乎相当尴尬。边本质上是二元的，即它们连接两个节点，但您的定义有可能使边与单个节点相关。
您的示例还包括同一对节点之间的多个边（例如，通过 E1 和 E2 的 ABC -> BCD）。这意味着 MultiGraph。

如果这确实是您的格式应该定义的内容，这里有一种方法可以将其放入 networkx 图中。很可能有更简洁的方式来读取数据。

import networkx as nx
import itertools

# read file into a dictionary, in 3 stages.
with open("graph.txt") as f:
    lines = f.readlines()

edges = []
for line in lines:
    if line.startswith('Edges'):
        continue
    parts = line.strip().split()
    edges.append(parts)

D = {}
for e, n in edges:
    if e not in D:
        D[e] = []
    D[e].append(n)

G = nx.MultiGraph()

# for each edge group, add edges between all pairs of nodes
for e, nodes in D.items():
    print e, nodes
    for (u,v) in itertools.combinations(nodes, 2):
        G.add_edge(u, v, label=e)

【讨论】：