如何使用 pyDicom 替换同一 DICOM 文件中的像素数据以使用任何 DICOM 查看器再次读取它？

Question

我想阅读一些 DICOM 文件，所以我正在为我的工作测试 pydicom，我认为这非常有用。

现在我想加载现有的 DICOM 文件，用另一个像素数组（例如预处理或另一个 DICOM 像素数组）替换像素数据数组，最重要的是，我想用任何 DICOM 查看器应用程序再次读取它。

对于这个测试，我使用了下面的教程代码。此代码加载一个测试数据文件。图片大小为64*64。下面的代码对原始数据进行子采样。之后图片大小为8*8，结果保存到after.dcm。

但是当我使用 DICOM 查看器应用程序（我使用“Dicompass”）读取文件时，DICOM 图像的大小仍然是64*64。我错过了什么？

我参考了pydicom 文档（http://pydicom.readthedocs.io/en/stable/getting_started.html、https://pydicom.github.io/pydicom/stable/index.html）来解决我的问题。

# authors : Guillaume Lemaitre <g.lemaitre58@gmail.com>
# license : MIT

import pydicom
from pydicom.data import get_testdata_files

print(__doc__)

# FIXME: add a full-sized MR image in the testing data
filename = get_testdata_files('MR_small.dcm')[0]
ds = pydicom.dcmread(filename)

# get the pixel information into a numpy array
data = ds.pixel_array
print(data)

print('The image has {} x {} voxels'.format(data.shape[0],
                                        data.shape[1]))
data_downsampling = data[::8, ::8]
print('The downsampled image has {} x {} voxels'.format(
    data_downsampling.shape[0], data_downsampling.shape[1]))

# copy the data back to the original data set
ds.PixelData = data_downsampling.tostring()
# update the information regarding the shape of the data array
ds.Rows, ds.Columns = data_downsampling.shape

# print the image information given in the dataset
print('The information of the data set after downsampling: \n')
print(ds)
print(ds.pixel_array)
print(len(ds.PixelData))
ds.save_as("after.dcm")

Answer 1

代码看起来没问题。但是，您并没有覆盖原始文件。

您使用以下方式加载文件：

filename = get_testdata_files('MR_small.dcm')[0]
ds = pydicom.dcmread(filename)

原始文件名为“MR_small.dcm”。

然后你保存文件：

ds.save_as("after.dcm")

目标文件名不同的地方。这意味着，原始文件仍然没有改变。

您应该在 DICOM 查看器中加载“after.dcm”进行测试

或

您应该在保存文件时覆盖文件 (pydicom.filewriter.dcmwrite)。

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不是您的问题的一部分，但如果您要创建像素数据更改的原始图像副本，建议您还修改数据集中的实例特定信息，例如 InstanceNumber (0020,0013)、SOPInstanceUID (0008,0018 ) 等。