如何访问 NiftyNet 中预训练模型的中间激活图？答案

【问题标题】：How can I get access to intermediate activation maps of the pre-trained models in NiftyNet?如何访问 NiftyNet 中预训练模型的中间激活图？
【发布时间】：2017-10-19 18:16:04
【问题描述】：

我可以下载并成功测试brain parcellation demo 的NiftyNet 包。然而，这只给了我预训练网络的最终分割结果，而我也需要访问中间层的输出。

根据这个演示，以下行下载了一个预训练模型和一个测试 MR 卷：

wget -c https://www.dropbox.com/s/rxhluo9sub7ewlp/parcellation_demo.tar.gz -P ${demopath}

其中${demopath} 是演示文件夹的路径。提取下载的文件将创建一个 .ckpt 文件，该文件似乎包含预训练的 tensorflow 模型，但我无法将其加载到 tensorflow 会话中。

有没有一种方法可以加载预训练模型并访问其所有中间激活图？换句话说，如何将 NiftyNet 库中的预训练模型加载到 tensorflow 会话中，以便我可以通过模型探索或探测任何给定输入图像的某个中间层？

最后，在 NiftyNet 的网站上提到“文献中的一些模型已经（重新）在 NiftyNet 框架中实现”。这些模型的预训练权重是否也可用？该演示使用名为 HighRes3DNet 的预训练模型。如果其他模型的预训练权重也可用，下载这些权重或保存的 tensorflow 模型的链接是什么？

【问题讨论】：

标签： tensorflow pre-trained-model niftynet

【解决方案1】：

首先要回答您的“最后”问题，NiftyNet 实施了一些网络架构（例如 VNet、UNet、DeepMedic、HighRes3DNet），您可以使用自己的数据进行训练。对于其中的一些，某些应用程序（例如使用 HighRes3DNet 的大脑分割和使用 DenseVNet 的腹部 CT 分割）具有预先训练的权重。

其中一些预先训练的权重是从演示中链接的，例如您链接到的分区。我们开始将预训练模型收集到model zoo，但这仍在进行中。

Eli Gibson [NiftyNet 开发人员]

【讨论】：