如何使用 Biopython 中的 SeqIO 打印前几条记录

【问题标题】：How to print the first few records using SeqIO from Biopython如何使用 Biopython 中的 SeqIO 打印前几条记录
【发布时间】：2019-03-06 00:36:44
【问题描述】：

我有一个包含数百条记录的 fasta 文件，但我试图返回一个仅包含前 20 条记录（记录描述、AA 长度和名称）的表。

我的代码不起作用，我想知道如何只返回前 20 条记录 - 最好以表格格式返回。

这是我的python代码：

#!/usr/local/bin/python3
import cgi
import re
form = cgi.FieldStorage()
from Bio import SeqIO
for index, record in enumerate(SeqIO.parse("e_coli_k12_dh10b.faa", "fasta")): print(record.description, len(record.seq))

【问题讨论】：

标签： python bioinformatics biopython enumerate fasta

【解决方案1】：

有很多方法可以做到这一点。与您当前的结构最相似的是在索引达到 19 时添加 break（即自 0 开始计数以来的第 20 个数字）：

from Bio import SeqIO

for index, record in enumerate(SeqIO.parse("e_coli_k12_dh10b.faa", "fasta")): 
    print(record.description, len(record.seq))
    if index == 19:
        break

但是，我更喜欢风格方面的方式是使用itertools.islice：

from itertools import islice
from Bio import SeqIO

records = SeqIO.parse("e_coli_k12_dh10b.faa", "fasta")

for record in islice(records, 20):
    print(record.description, len(record.seq))

如果您想存储表格，您可以将描述和长度插入列表、数组或您选择的其他数据结构中，而不是打印。

【讨论】：