在 Networkit 中检索原始节点名称

【问题标题】：Retrieving original node names in Networkit在 Networkit 中检索原始节点名称
【发布时间】：2020-02-18 16:12:13
【问题描述】：

我不确定我是否了解 Networkit 如何处理节点名称。

假设我使用另一个 Python 模块（如 Networkx）从边缘列表中读取了一个大图；然后我将其转换为网络图并执行一些操作，例如计算成对距离。一个简单的代码可以做到这一点：

import networkx as nx
import networkit as nk

nxG=nx.read_edgelist('test.edgelist',data=True)

G = nk.nxadapter.nx2nk(nxG, weightAttr='weight')

apsp = nk.distance.APSP(G)
apsp.run()
dist=apsp.getDistances()

简单易懂。

现在，如果我想对这些距离做些什么呢？例如，如果我想根据路径上的权重或任何其他需要检索原始节点 ID 的度量来绘制它们，我不知道该怎么办？

getDistances() 函数返回一个列表列表，每个节点对应一个与其他节点的距离，但我不知道 Networkit 如何将节点的名称映射到它用作节点标识符的整数序列，因此它遵循计算距离并将它们存储在输出中的顺序。

【问题讨论】：

标签： python networkx networkit

【解决方案1】：

从networkx创建新图时，NetworKit创建一个字典，将nxG中的每个节点id映射到G中从0到n-1的唯一整数（其中n是节点数）@987654321 @。不幸的是，nx2nk 没有返回这个映射，所以你应该自己创建它。

假设您想要获取从节点1 到节点2 的距离，其中1 和2 是nxG 中的节点ID：

import networkx as nx
import networkit as nk

nxG=nx.read_edgelist('test.edgelist',data=True)

G = nk.nxadapter.nx2nk(nxG, weightAttr='weight')

# Get mapping from node ids in nxG to node ids in G
idmap = dict((id, u) for (id, u) in zip(nxG.nodes(), range(nxG.number_of_nodes())))

apsp = nk.distance.APSP(G)
apsp.run()
dist=apsp.getDistances()

# Get distance from node `1` to node `2`
dist_from_1_to_2 = dist[idmap['1']][idmap['2']]

【讨论】：