如何使用 Auto threshold imagej 插件获得正确的输出？答案

【问题标题】：How can I get the correct output using the Auto threshold imagej Plugin?如何使用 Auto threshold imagej 插件获得正确的输出？
【发布时间】：2016-02-28 15:12:02
【问题描述】：

我尝试了以下代码，我从目录中读取图像并使用 ImageJ Auto Threshold 插件来分割我的图像。任何人都可以使用 imagej 程序轻松做到这一点，如下所示：

1- Open an image.
2- Then Go to : image->Adjust->Auto Threshold.
3- From methods drop list: Select the mean method.
4- Pick the white object on the black background.

我的问题是我无法从 Matlab 正确调用此插件。我的matlab代码如下：

javaaddpath 'C:\Program Files\MATLAB\R2013b\java\mij.jar'
javaaddpath 'C:\Program Files\MATLAB\R2013b\java\ij.jar'
MIJ.start

MIJ.run('Open...', 'path=[E:\\sun\\Endothelium Project\\Endothelium Code\\MIJ Code\\ENDOTHELIAL IMAGES\\12.bmp]');

MIJ.run('Threshold...','setAutoThreshold=mean');
MIJ.run('setOption=BlackBackground');
MIJ.run('Convert to Mask');    
SegmentedImage = (VorImage);
figure, imshow(SegmentedImage);

【问题讨论】：

您能否提供更多有关您遇到的错误的信息？
错误是：无法识别的命令：“setOption=BlackBackground”

标签： image matlab image-processing imagej

【解决方案1】：

Auto Threshold（在 GUI 示例中）是与 Threshold...（在 Matlab 代码中）不同的命令。如果您使用命令定位器（按 L，然后搜索所需的阈值），您可以看到这一点。

所以我猜语法和选项会根据具体的类而有所不同。

我没有使用过 MIJ，但 run() 命令看起来与 IJ 宏语言中使用的命令相似。

当我在斐济使用宏记录器时，我得到以下信息：

图像 > 调整 > 阈值... 使用均值法，深色背景：

setAutoThreshold("Mean dark");

Image > Adjust > AutoThreshold 使用 Mean 方法，没有选中框：

run("Auto Threshold", "method=Mean");

也许其中一种会起作用。事实上，暗背景似乎是 AutoThreshold 命令中的默认设置，所以也许您可以完全忽略该 setOption。

更多关于阈值命令here。

【讨论】：