如何使用现有的多个 imagej 插件构建插件答案

【问题标题】：how to build a plugin with existing multiple imagej plugins如何使用现有的多个 imagej 插件构建插件
【发布时间】：2014-04-16 22:47:41
【问题描述】：

我是 imagej/fiji 的新手，我有一堆 .tif 扩展名的图像。

1.Load the Stack file ie., .tif file into ImageJ -- File -> Open -> Browse the Stack   file(.tif)

2.Convert the Stack file of 16-bit image into 8-bit image-- Image -> Type -> select 8-bit

3.Apply Threshold on the 8-bit image--  Image -> Adjust -> Threshold

4.Now apply Segmentation with the plug-in “Segment blob in 3D Viewer” -- Plugins ->         Segmentation -> Segment blob in 3D Viewer


5.Selection of a Seed Point -- plugins -> segmentation -> levelsets
6.Overlapping/Touching Cell Structures -- Process -> Binary -> Watershed    
  Analyze -> Analyze Particles -> Show -> Outlines -> Display Result

7.Applying the Skeletonize  3D -- Plugins -> Skeleton -> Skeletonize 3D

这些任务是通过单独完成每个任务来完成的。我想要一个需要一次完成所有这些任务的插件。我不知道该怎么做..请有人帮我.. 我知道我们需要使用 ecllipse 为插件或宏编写 java 代码..我不知道如何立即完成这些任务。

【问题讨论】：

标签： imagej

【解决方案1】：

对于您的任务，通过记录您的工作流程而不是硬编码 ImageJ 插件来创建宏应该很容易。通过 [Plugins > Macros > Record...] 启动命令记录器，然后按照您描述的步骤进行操作。在记录器窗口中，将打印每个步骤的命令。

执行您描述的7个步骤后，单击右上角的“创建”按钮。在那里，您将看到一个带有命令的文本窗口 (ImageJ) 或一个带有命令的脚本编辑器 (Fiji)。然后，您只需重新打开图像堆栈并通过 [宏 > 运行宏] (ImageJ) 或单击“运行”按钮（斐济脚本编辑器）测试宏。

有关详细信息，请参阅下面链接的 PDF 中的幻灯片 11 - 15。

http://cmci.embl.de/_media/documents/slides/elmi2012.pdf

或从下一页链接的教科书中阅读第17页至第22页。

http://cmci.embl.de/documents/ijcourses#macro_programming_in_imagej

您可能需要对自动记录的命令稍作修改，因为您使用 [Analyze Particle...] 命令的输出图像时工作流程有些复杂，但请先尝试不做任何更改。

如果您将宏保存为文件 (.ijm) 并将其保存在下

，您还可以将宏作为菜单项包含在内

[ImageJ 根目录]/plugins/Scripts/

在这种情况下，文件名应包含下划线 (_) 以使文件名显示为 [Plugins > Scripts >] 下的菜单项。

【讨论】：