在斐济的 jython 脚本中运行 BackgroundSubtracter

Question

我正在尝试创建一个 Imagej/Fiji 脚本来分析显微镜图像。作为管道的一部分，我想使用斐济提供的滚球 BackgroundSubtracter。根据 Imagej API，应该是这样的：

rollingBallBackground(ImageProcessor ip,
                              double radius,
                              boolean createBackground,
                              boolean lightBackground,
                              boolean useParaboloid,
                              boolean doPresmooth,
                              boolean correctCorners)

但是，如果我尝试在三通道图像的一个通道上运行它：

from ij import IJ, ImagePlus
from ij import WindowManager as wm
from ij.plugin import ChannelSplitter
from ij.plugin.filter import BackgroundSubtracter

imp = wm.getCurrentImage()
c1, c2, c3 = ChannelSplitter.split(imp)
c1.show() # This works
c1 = c1.getProcessor()
threshold = BackgroundSubtracter.rollingBallBackground(c1,
                                                      50.,
                                                      False,
                                                      False,
                                                      True,
                                                      False,
                                                      False)

我收到一个错误：

TypeError: rollingBallBackground(): expected 8 args;得到 7 个

如果我附加另一个参数，假设另一个“False”或“1”，我会得到这个错误：

TypeError: rollingBallBackground(): self arg 不能被强制转换为 ij.plugin.filter.BackgroundSubtracter

我做错了什么？

Answer 1

根据我使用此 API 的经验，当我看到“Expected args+1; got args”但我的参数数量肯定是正确的，这意味着我不小心尝试调用 class 方法instance 方法（您的第二个 TypeError 暗示了这一点）。在这种情况下，没有为 BackgroundSubtracter 定义任何类方法

你非常亲密；要使其正常工作，您需要创建一个 BackgroundSubtracter 的实例，然后按照您显示的方式调用该方法

BackgroundSubtracter().rollingBallBackground(c1,
                                             50.,
                                             False,
                                             False,
                                             True,
                                             False,
                                             False)

这个方法也没有返回值。如果您的代码按预期运行，threshold 将是 None。

我建议查看 Java 修饰符是什么。我对 Java 不是很熟悉，但了解修饰符的含义对于理解 Jython ImageJ 文档所说的内容至关重要，这对我有很大帮助：

public void rollingBallBackground(ImageProcessor ip,
                                  double radius,
                                  boolean createBackground,
                                  boolean lightBackground,
                                  boolean useParaboloid,
                                  boolean doPresmooth,
                                  boolean correctCorners)

public 表示该方法可在类外部访问，而private 表示该方法不可访问。

void 表示没有返回值。

如果static 一词在这里，那么您就可以在类上调用此方法。但它丢失了，这意味着它只能在实例上调用。