如何使用 ImageJ 从 DM3 文件中批量提取元数据？

Question

如何为一批图像提取元数据？我的第一个想法是录制一个宏，然后修改它以对文件名列表进行操作。

在这种情况下，我尝试录制一个宏来做这样的事情：

Ctrl-o # Open a file
12.dm3Enter # Select file to open
Ctrl-i # Open metadata in a new window
Ctrl-s # Save file
12.txt 的信息Enter# Name of file being saved
Ctrl-w# Close current window
Ctrl-w# Close current window

这些步骤在我手动执行时有效。这会产生以下宏，它似乎缺少我尝试记录的大部分内容：

open("/path/to/file/12.dm3");
run("Show Info...");
run("Close");
run("Close");

Answer 1

修改Jython script that is supposed to extract dimension metadata from an image:

from java.io import File
from loci.formats import ImageReader
from loci.formats import MetadataTools

import glob

# Create output file
outFile = open('./pixel_sizes.txt','w')

# Get list of DM3 files
filenames = glob.glob('*.dm3')

for filename in filenames:

        # Open file
        file = File('.', filename)

        # parse file header
        imageReader = ImageReader()
        meta = MetadataTools.createOMEXMLMetadata()
        imageReader.setMetadataStore(meta)
        imageReader.setId(file.getAbsolutePath())

        # get pixel size
        pSizeX = meta.getPixelsPhysicalSizeX(0)

        # close the image reader
        imageReader.close()

        outFile.write(filename + "\t" + str(pSizeX) + "\n")

# Close the output file
outFile.close()

(Gist).

Answer 2

您可以使用 getImageInfo() 代替 run("Show Info...")。这将在包含 run("Show Info...") 输出的宏中创建一个字符串，但随后可以根据需要进行修改。请参阅http://rsb.info.nih.gov/ij/developer/macro/functions.html#getImageInfo 了解更多信息。