具有拆分时间步和拆分通道的 LIF 文件的生物格式转换（宏 ImageJ）答案

【问题标题】：Bio-Formats conversion of LIF file with splitted timestep and splitted channel (macro ImageJ)具有拆分时间步和拆分通道的 LIF 文件的生物格式转换（宏 ImageJ）
【发布时间】：2016-07-13 14:06:40
【问题描述】：

我正在尝试在宏中使用 ImageJ 打开 LIF 文件（Leica 格式）。 LIF 文件包含 4 个 52 或 45 个时间步长的“LIF 系列”。每个时间步包含 3 个通道。

filepath = "/mydirectory/myfile.lif";
out = "/mydirectory/myTIFF/";
run("Bio-Formats Importer", "open=["+ filepath + "] color_mode=Default split_timepoints split_channels view=Hyperstack stack_order=XYCZT");
for(myt ...) { // I don't know how having all the UNIQUE timestep of all the series
    for(mych=0;mych<3;mych++) {
        saveAs("Tiff", "save=[" + out + "/myID" + "_t" + myt + "_ch" + mych + ".tif" + "]");
    }
}

我想将每个时间步长 + 通道的一个文件另存为 TIFF。

但是 1：我无法使用“split_channels”和“split_timepoins”选项打开系列导致 ImageJ 崩溃（内存不足） 2：我无法自动打开所有系列导致ImageJ崩溃......而且我不知道如何才能打开系列。或者/和时间步长一个一个

您知道如何逐个时间步打开 LIF 文件并将其自动保存在斐济吗？或者如何拆分 LIF 文件的通道和时间步长？

【问题讨论】：

标签： image image-processing split data-conversion imagej-macro

【解决方案1】：

我找到了我需要的东西！我现在可以一个接一个地工作了。

Ext.setId(path);// Initializes the given path (filename).
Ext.getSeriesCount(seriesCount); // Gets the number of image series in the active dataset.

我必须编写代码来生成唯一的时间步，但应该没问题。

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【讨论】：