如何使用 R 调用/执行 imageJ 宏？答案

【问题标题】：How can I call/execute an imageJ macro with R?如何使用 R 调用/执行 imageJ 宏？
【发布时间】：2013-09-24 18:52:47
【问题描述】：

我在 imageJ 中编写了一个宏，它吐出一个数据帧，然后我在 R 中分析它。我希望能够让整个过程在 R 中工作，而不必先在 imageJ 中手动运行宏。当前，宏提示用户输入和输出目录，然后执行此操作。我在想 R 中必须有一个函数可以让我指定宏以及输入和输出目录（然后我可以在宏中重新编码这些变量，以某种方式通过 R 脚本获取这些参数？）

我知道我可以使用 system() 命令，并从网络上的其他地方找到了这个诱人的线索：

system("./JavaApplicationStub  directory file[i] -batch zmacro")

但我不确定如何实现这一点（我的宏已经使用批处理，所以这部分是不必要的）。

【问题讨论】：

我不熟悉 imageJ，但它似乎有一个 command-line interface (CLI)。尝试让它与 CLI 一起用于一些任意输入和输出目录。一旦你有了它，你将能够在 R 中构建命令（替换你想要的任何目录）。
确实，仔细观察，您似乎可以将宏代码剪切并粘贴为 eval 参数。
抱歉，我遗漏了一些重要的东西。 eval 参数在哪里？（顺便说一句，感谢您的帮助）。
你查看the page I linked了吗？它列出了一个参数：-eval"macrocode" Evaluates macro code. Examples:
我知道如何在imageJ中运行宏，但我仍然缺少如何通过R运行宏代码的链接。

标签： r macros imagej

【解决方案1】：

感谢 nograpes 和 Kota（以及更多的谷歌搜索），问题得以解决。

在 Kota 中通过 R 调用 imageJ 宏如下：

system("/Applications/ImageJ/ImageJ.app/Contents/MacOS/JavaApplicationStub -batch 
/Users/xxxx/Desktop/testmacro.txt")

我使用的特定宏需要输入和输出目录。为了在 R 中编码，我在系统调用中添加了一个参数：

system("/Applications/ImageJ/ImageJ.app/Contents/MacOS/JavaApplicationStub -batch 
/Users/acgerstein/Desktop/testmacrobatch.txt 
/Users/acgerstein/Desktop/130829Pos_24h/*/Users/acgerstein/Desktop/temp/")

据我所知，imageJ 只支持传入一个参数。所以我用“*”分隔输入目录和输出目录。

imageJ 中的代码如下所示：

folders = getArgument;
delimiter = "*";
parts=split(folders, delimiter);
dir1 = parts[0];
dir2 = parts[1];

最令人意外的是，通常通过 imageJ 中的宏打印的日志文件现在显示在 R 控制台中。

恶作剧管理。

【讨论】：

【解决方案2】：

这是一个从 CL（在 osx 中）运行宏文件“test.ijm”的示例。您可能可以将此命令包装在 R 中（未经测试）。宏文件的路径应该是完整路径，而不是相对路径。

/Applications/ImageJ/ImageJ.app/Contents/MacOS/JavaApplicationStub -batchpath /tmp/test.ijm

【讨论】：

【解决方案3】：

你试过Bio7吗？它是一个 ImageJ 的发行版，嵌入在一个 Eclipse RCP 应用程序中，它使用 Rserve 进行了许多出色的 R 集成。

为了它的价值，我们还在 R scripting integration ImageJ2 工作。

【讨论】：

我看过 Bio7，但真的很想留在 R 控制台环境中。