同时 .replace 功能答案

【问题标题】：Simultaneous .replace functionality同时 .replace 功能
【发布时间】：2013-05-01 17:10:05
【问题描述】：

我已经将用户输入的 DNA 代码(A,T,G,C) 转换为 RNA 代码(A,U,G,C)。这很容易

RNA_Code=DNA_Code.replace('T','U')

现在我需要做的下一件事是将 RNA_Code 转换为它的互补链。这意味着我需要用 U 替换 A，用 A 替换 U，用 C 替换 G，用 G 替换 C，但都是同时进行的。

如果我说

RNA_Code.replace('A','U')
RNA_Code.replace('U','A')

它将所有的 As 转换为 Us，然后将所有 Us 转换为 As，但我只剩下所有的 As。

我需要它把AUUUGCGGCAAA 之类的东西转换成UAAACGCCGUUU。

关于如何完成这项工作的任何想法？(3.3)

【问题讨论】：

使用翻译pymotw.com/2/string/#functions。

标签： python string replace python-3.3 simultaneous

【解决方案1】：

使用翻译表：

RNA_compliment = {
    ord('A'): 'U', ord('U'): 'A',
    ord('G'): 'C', ord('C'): 'G'}

RNA_Code.translate(RNA_compliment)

str.translate() method 采用从代码点（数字）到替换字符的映射。 ord() function 为我们提供了给定角色的代码点，让您可以轻松构建地图。

演示：

>>> RNA_compliment = {ord('A'): 'U', ord('U'): 'A', ord('G'): 'C', ord('C'): 'G'}
>>> 'AUUUGCGGCAAA'.translate(RNA_compliment)
'UAAACGCCGUUU'

【讨论】：

@BlackVegetable：链接略有不同，这是 Python 3，但是是的。
别忘了str.maketrans

【解决方案2】：

您可以使用映射字典：

In [1]: dic={"A":"U","U":"A","G":"C","C":"G"}

In [2]: strs="AUUUGCGGCAAA"

In [3]: "".join(dic[x] for x in strs)
Out[3]: 'UAAACGCCGUUU'

【讨论】：

【解决方案3】：

如果您还没有使用它，我建议您试试Biopython。它具有处理生物数据的各种功能，包括一个非常酷的Seq 对象。有一个 reverse_complement() 函数可以完成您想要做的事情，还有更多您可能还没有想到的功能。看看吧，它真的可以节省时间。

>>> from Bio.Seq import Seq
>>> from Bio.Alphabet import generic_dna
>>> my_dna = Seq("AGTACACTGGT", generic_dna)
>>> my_dna
Seq('AGTACACTGGT', DNAAlphabet())
>>> my_dna.complement()
Seq('TCATGTGACCA', DNAAlphabet())
>>> my_dna.reverse_complement()
Seq('ACCAGTGTACT', DNAAlphabet())

【讨论】：

【解决方案4】：

我有一个简单的解决方案：

# get the sequence from the user:

dna_seq = input("Please enter your sequence here: ")

# make a for loop to read the seq one nucleotide at a time and add each one in a new variable

compliment = ""

for n in dna_seq:

    if n == "A":
        compliment = compliment + "T"
    elif n == "T":
        compliment = compliment + "A"
    elif n == "G":
        compliment = compliment + "C"
    elif n == "C":
        compliment = compliment + "G"

print(compliment)

【讨论】：