【问题标题】:How for I search fhir resources based on extension values?如何根据扩展值搜索 fhir 资源?
【发布时间】:2016-11-18 14:23:46
【问题描述】:

我有一组fhir资源,格式如下:

<Basic>
    <meta>
      <versionId value="1.0"/>
      <lastUpdated value="2016-11-18T10:26:51Z"/>
      <profile value="http://stelar.org/StructureDefinition/stelar/profile/anthropometry"/>
    </meta>
    <text>
      <status value="generated"/>
    </text>
    <extension url="http://stelar.org/StructureDefinition/stelar/extension/const-sourceIdentifier">
      <cohortName value="TEST"/>
      <datasetName value="SEATONJEAug14A1"/>
      <archetypeName value="Abdo20wks"/>
    </extension>
    <extension url="http://stelar.org/StructureDefinition/stelar/extension/const-resourceTags">
      <valueString value="SEATON"/>
    </extension>
    <extension url="http://stelar.org/StructureDefinition/stelar/extension/anthropometryType">
      <valueCoding value="AnthropometricMeasure"/>
    </extension>
    <extension url="http://stelar.org/StructureDefinition/stelar/extension/subjectNo">
      <valueString value="5375"/>
    </extension>
    <extension url="http://stelar.org/StructureDefinition/stelar/extension/methodOfFollowUp">
      <valueCoding value="FollowUpMethod.ClinicVisit"/>
    </extension>
    <extension url="http://stelar.org/StructureDefinition/stelar/extension/followUp">
      <valueCoding value="FollowUp.SNRecruitment"/>
    </extension>
    <extension url="http://stelar.org/StructureDefinition/stelar/extension/variableLabel">
      <valueString value="Abdominal girth 20 week fetal scan (mm)"/>
    </extension>
    <extension url="http://stelar.org/StructureDefinition/stelar/extension/AIW">
      <valueDouble value="1841.0"/>
    </extension>
    <extension url="http://stelar.org/StructureDefinition/stelar/extension/subject">
      <valueCoding value="Person.StudySubject"/>
    </extension>
    <extension url="http://stelar.org/StructureDefinition/stelar/extension/clinicalType">
      <valueCoding value="ClinicalMeasurement.AnthropometricMeasure"/>
    </extension>
    <extension url="http://stelar.org/StructureDefinition/stelar/extension/dataSource">
      <valueCoding value="DataSource.ClinicalMeasurement"/>
    </extension>
    <extension url="http://stelar.org/StructureDefinition/stelar/extension/dataAnthropometricMeasure"/>
</Basic>

我有许多类似结构的资源,其中一些常量会发生变化,例如http://stelar.org/StructureDefinition/stelar/extension/dataSource 的值。我将如何构建一个查询来搜索具有 dataSource 的资源 'DataSource.ClinicalMeasurement'。

我已阅读有关搜索的文档,但似乎没有提及搜索扩展。

作为旁注,我不得不将我的所有数据都基于 Basic 资源类型并使用扩展,原因与此处不太相关,无法在这里提出。

【问题讨论】:

  • 您的资源构造不正确。 valueCoding 由一个或多个字段组成,因此应类似于 ,最好也填写系统值。同样在第一个扩展中,您添加了不符合 FHIR 的字段名称。请参阅hl7.org/fhir/extensibility.html 了解正确的构造。 Double 也不是 FHIR 数据类型,因此不能有 valueDouble。并且最后一个扩展名是空的,这是不允许的。我建议您阅读规范,或参加 FHIR 培训课程
  • 嗨,Mirjam,感谢您的提醒。有没有办法验证我的扩展/配置文件是否正确?我已经阅读了规范,但可能出错的范围非常广泛。我已将它们上传到验证它们正确的简化器,当我将它们上传到 HAPI 时,它也会正确创建它们。我刚刚从结构定义中删除了一个 url 节点(这是必需的)并成功上传,所以我只能假设 HAPI 默认不对 StructureDefinitions 进行验证。
  • HAPI 服务器通常会执行基本验证,但现在似乎无法正常工作。我相信 Grahame 在另一个问题中已经向您指出了 Java 验证器,但那是针对 STU3 的。查看 DSTU2 版本的 Validator 下的 hl7.org/fhir/downloads.html。您可以使用它来验证您的资源。或者您可以尝试将资源上传到 spark.furore.com/fhir,它会进行一些基本验证。或者查看 hapifhir.io/doc_validation.html 在您的 Java 应用程序中构建验证。

标签: dstu2-fhir hl7-fhir hapi-fhir


【解决方案1】:

您可以定义自己的 SearchParameter 实例,该实例定义如何使用任何元素或元素组合(扩展或核心)进行查询。您可以使用服务器的一致性资源来识别您支持的 SearchParameters 以及这些搜索参数应使用的名称。

【讨论】:

  • 感谢您的回复,是否有任何示例说明如何执行此操作?我注意到现在有一​​些消息来源说明了可扩展性的重要性,并且扩展是 fhir 中的一等公民,但我还没有看到任何有关按扩展值搜索的文档或任何示例。我是不是看错了问题?
  • 有 SearchParameter 的示例实例和引用 SearchParameter 的 Conformance/CapabilityStatement 的示例,但没有一个显示 SearchParameter 搜索我在 HL7 核心规范或任何 IG 中都知道的扩展我们发布 - 它只是没有出现。 (我的任何非 HL7 IG 都还没有需要。)请随时提交更改请求,主张将此类示例包含在规范中。
  • 好的,谢谢,我刚刚尝试过这样做,但我似乎无法上传 SearchParameters。我正在对开箱即用的 hapi 安装进行 POST 到 {{URL}}/SearchParameter,然后得到 403 响应。是否有一些不同的方法可以将 SearchParameters 添加到 fhir 服务器?
  • 发布 SearchParameter 不会自动生成代码支持(至少对于大多数服务器来说不是)。没有更多细节,很难诊断 403 为何不允许您存储搜索参数。如果您想知道如何自定义 HAPI 以支持自定义搜索参数,我会在 chat.fhir.org 上的 HAPI 流上询问 (chat.fhir.org/#narrow/stream/hapi)
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