来自多个来源的集成 R/markdown/pandoc 参考书目？答案

【问题标题】：Integrated R/markdown/pandoc bibliographies from multiple sources?来自多个来源的集成 R/markdown/pandoc 参考书目？
【发布时间】：2016-07-15 18:32:31
【问题描述】：

似乎是一个简单的问题：我有一个来自 pubmed 的 medline xml 格式的汇编参考书目。这与 pandoc-citeproc 配合得很好，可以格式化引文并在文档末尾生成参考列表。我现在想整合我正在使用的 R 包中的引用，并在 pandoc 中生成一个统一的参考书目（通过 pandoc-citeproc）。

pandoc-citeproc 将从我的 medline xml 编写 yaml 和 json 参考书目。在运行 pandoc 之前，我可以（可能是手动）合并 R 和 medline 引用。但是我在 citation() 和 pandoc-citeproc 中看不到任何可以转换为 medline 和 citation() 输出为可用于创建统一参考书目的通用格式的内容。

感谢您的任何指点。

【问题讨论】：

我不知道 pandoc-citeproc。它可以处理混合的 medline 和 BibTeX 输入吗？如果是这样， toBIbtex(citation(...)) 会让你成功。或者它可以将 medline 转换为 BibTeX 吗？请注意，您必须对 toBibtex 条目进行一些手动编辑。
谢谢，是的，pandoc 在“编译”步骤中处理不同参考格式的能力是解决方案

标签： r knitr pandoc bibliography citations

【解决方案1】：

我使用 bibtex 包将 R 引用写入文件

library(ggplot2)
library(plyr)
library(limma)
library(bibtex)
write.bib( c('bibtex', 'ggplot2', 'plyr', 'Biobase', 'limma'), file "R.citations.bib" )

pandoc 接受多个 --bibliography 参数。重要的是，如果书目文件名后缀被识别，您可以使用不同的书目格式（.medline 是 ncbi 的 xml 格式），pandoc 似乎将所有内容放在一起：
```
pandoc --bibliography bib.medline --bibliography R.citations.bib file.md -o file.docx
```

【讨论】：