igraph：给定一个顶点列表，找到最小的连通子图答案

【问题标题】：igraph: given a list of vertices, find the smallest connected subgraphigraph：给定一个顶点列表，找到最小的连通子图
【发布时间】：2015-07-30 08:00:19
【问题描述】：

我有以下问题：我有一个相对较大的图，并且想在给定一组顶点的情况下提取一个连通子图，这可能不是直接连接的。示例：

library(igraph)
Test <- graph(c("a", "b", "a", "c", "a", "d", "b", "e", "b", "f", 
              "c", "g", "c", "h", "d", "i"))
plot(Test, layout=layout_as_tree)

现在我想提取包含例如的（最小）子图。顶点"e"、"c" 和"g"。在 igraph 包中是否有一种简单的方法可以做到这一点？感谢您的任何建议！

干杯，乔

【问题讨论】：

最小的连通子图是单个顶点，不是吗？
也许我不清楚，我的意思是包含所有顶点的子图（即"e"、"c" 和 "g" 以及连接它们的所有其他顶点）。

标签： igraph

【解决方案1】：

知道了！使用 igraph 很容易：

subnodes <- c("e", "c", "g")
needNodes <- character()
## loop through all nodes and calculate the path to each other node
for(i in 1:(length(subnodes)-1)){
    paths <- shortest_paths(Test, from=subnodes[i], 
                           to=subnodes[(i+1):length(subnodes)],
                           mode="all")
    needNodes <- unique(c(needNodes, unlist(lapply(paths$vpath, names))))
}
## subset the graph
subGr <- induced_subgraph(Test, vids=needNodes)
## looks good:
plot(subGr, layout=layout_as_tree)

感谢漂亮的 igraph 包！

干杯，乔

【讨论】：