使用 R 转换树状图/树中的嵌套列表

Question

是否可以将异构嵌套列表（包含字符向量、其他列表和列表列表）转换为树状图或树对象？这个想法是，从一个假设的原点出发，每个嵌套级别都会添加一个新的分支层。

此类列表的示例如下：

list(c("tom", "bob", "red"), c("jin", "tonic"), list(c("megan", "tina"), "carl"), "tim", list(c("chris", list(c("stella", "mia", "charly"))), "jack"))

所需的输出（例如以 newick 格式）应如下所示：

plot(read.tree(text = "((tom,bob,red),(jin,tonic),((megan,tina),carl),tim,((chris,(stella,mia,charly)),jack));"))

非常感谢，

卢卡

Answer 1

在晚上我找到了一点灵感......

我做了这个变通方法来让我的嵌套列表成为一个 newick 格式树：

x <- list(c("tom", "bob", "red"), c("jin", "tonic"), list(c("megan", "tina"), "carl"), "tim", list(c("chris", list(c("stella", "mia", "charly"))), "jack"))

# flatten list
x2 <- paste0(lapply(x, function(y) paste0("(", paste0(y, collapse = ","), ")")), collapse = ",")

# remove unwanted characters
x2 <- gsub('\"|c|list| ', "", x2)
x2 <- paste0("(", x2, ");")

# remove brackets from single term list object
library(stringr)
x3 <- str_replace_all(x2, "\\([a-z]*\\)", function(x) gsub("^\\(|\\)$", "", x))

# plot
library(ape)
plot(read.tree(text = x3))