使用 php Imagick 创建的 Tiff 图像在 Imagej 中显示不正确答案

【问题标题】：Tiff image created with php Imagick is incorrectly displayed in Imagej使用 php Imagick 创建的 Tiff 图像在 Imagej 中显示不正确
【发布时间】：2013-12-27 10:13:49
【问题描述】：

我计算一组 16 位无符号 .tiff 图像的平均图像，并用 Imagick 保存：

// Image averaging 
$img_aux = new Imagick(); 
$num_rows = 0;
while ($row = $sql->fetch()) {
    $num_rows++;
    $file = $row['File'];
    if ($num_rows == 1) {
        $img_avg = new Imagick();
        if (!$img_avg->readImage($file))    throw new Exception("Problem averaging the images");
    }
    else {
        if (!$img_aux->readImage($file))    throw new Exception("Problem averaging the images");
        $opacity = 1.0 / (1.0 * $num_rows); 
        $img_aux->setImageOpacity($opacity);
        $img_avg->setImageOpacity(1 - $opacity);                    
        $img_avg->compositeImage($img_aux, imagick::COMPOSITE_PLUS, 0, 0); 
    };
};

// Save image
$save_file = tempnam($globals['path_img'], ''); 
$img_avg->setImageFormat("tiff");
$img_avg->setImageDepth(16); 
if (!$img_avg->writeImage($save_file))    throw new Exception("Problem averaging the images"); 
$img_avg->destroy();

我返回的图像已正确打开并在多个查看器中显示，但在 Imagej 中没有。 Imagej 将新图像识别为 32 位 RGB。

为什么？我该如何解决这个问题？

示例：

16 位 tiff 图像：https://www.dropbox.com/s/1971mez6478ktqp/test.tif

两次图像的平均值：https://www.dropbox.com/s/di1e9x4y9007r6y/average.tif

【问题讨论】：

您是否按照@ctrueden 的建议尝试过使用生物格式？如果您提供示例图片会很有帮助。
@JanEglinger 我必须在没有 Bio-Formats 插件的情况下使用 Imagej。您现在可以下载示例。
我只能同意 ctrueden 的建议，将其发布到 ImageJ 邮件列表（包括示例图像）以修复错误。顺便说一句，Bio-Formats 正在正确打开这两个文件。直接使用 ImageJ 打开时的区别似乎在于 TIFF-Tag 258（“BitsPerSample”），其中我得到 value=218, count=3 for test.tif 和 value=5898510 , count=4 当调试模式处于活动状态时为 average.tif。
Wayne Rasband 不太可能在 Stack Overflow 上看到这个问题，他保留了对 ImageJ1 代码库的唯一控制权。因此，在 ImageJ1 核心中修复此错误的唯一方法是发布到 ImageJ 邮件列表。也就是说，ImageJ 2.0.0 版本（将于 6 月 1 日发布）将统一 File > Open 的行为以首先使用 SCIFIO 库，它使用与 Bio-Formats 基本相同的代码来打开 TIFF。所以这个问题很快就会得到解决。
另外，我很好奇为什么你“必须在没有 Bio-Formats 插件的情况下使用 Imagej”。这是您的机构规定的吗？如果有，为什么？

标签： php image-processing imagemagick tiff imagej

【解决方案1】：

这很可能是 ImageJ 中的一个错误。如果您想修复它，最好的办法是让无法工作的.tiff 文件在线可用，然后写信给ImageJ mailing list 寻求帮助。

您也可以尝试使用 Bio-Formats Importer 插件读取 .tiff 文件，该插件与 ImageJ 的 Fiji 分发包捆绑在一起。

【讨论】：