千兆像素图像的自描述文件格式？答案

【问题标题】：Self-describing file format for gigapixel images?千兆像素图像的自描述文件格式？
【发布时间】：2009-12-15 05:32:53
【问题描述】：

在医学成像中，似乎有两种存储超大像素图像的方法：

使用大量 JPEG 图像（打包到文件中或单独）并制作一些奇怪的索引格式来描述去哪里。以其他格式添加一些元数据。
使用 TIFF 的平铺和多图像支持将图像干净地存储为单个文件，并提供下采样版本以提高缩放速度。然后滥用各种 TIFF 标签以非标准方式存储元数据。此外，存储具有重叠边界的图块，以后必须单独翻译。

在这两种情况下，读者都必须充分理解格式以了解如何绘制事物和阅读元数据。

有没有更好的方法来存储这些图像？ TIFF（或BigTIFF）仍然是正确的格式吗？ XMP是否解决了元数据的问题？

主要问题是：

以允许快速随机访问（平铺）的方式存储图像
存储下采样图像以进行快速缩放（金字塔）
处理图块重叠或稀疏的情况（扫描仪通常通过将相机移动到 2D 幻灯片上并仅捕获有图像的地方）
存储重要的元数据，包括幻灯片标签和缩略图等相关图像
支持有损存储

人们使用哪种（希望是非专有的）格式来存储大型航拍照片或地图？这些图像具有相似的属性。

【问题讨论】：

标签： image tiff tiles

【解决方案1】：

似乎从 TIFF 或 BigTIFF 开始，定义一个有用的标签子集 + XMP 元数据可能是要走的路。 FITS 不好，因为它基本上是针对无损数据的，并且没有非常合适的元数据机制。

TIFF 的问题在于它提供了太多的灵活性，但 TIFF 的一个子集应该是可以接受的。

解决方案很可能是http://ome-xml.org/ 和http://ome-xml.org/wiki/OmeTiff。

看起来 DICOM 现在支持： ftp://medical.nema.org/MEDICAL/Dicom/Final/sup145_ft.pdf

【讨论】：

【解决方案2】：

你可能想要FITS。

任意大小
1--3维数据
丰富的标题
广泛用于天文学，并得到 NASA 和 IAU 的认可

【讨论】：

FITS 是否支持有损压缩？
我不记得了，但它基本上是一种带注释的容器格式，所以你可以在那里存储任何你想要的东西

【解决方案3】：

我是一名病理学家（和业余程序员），因此我对虚拟切片和数字病理学非常感兴趣。您可能对OpenSlide project 感兴趣。他们描述了来自大型供应商（Aperio、BioImagene 等）的许多专有格式。大多数似乎由金字塔形缩放（当然是在不同的显微目标上扫描）、包含多个平铺 tiff 或压缩（JPEG 或 JPEG2000）图像的大型 tiff 文件组成。

【讨论】：

干杯，然后:)。如果我将它用于有用的东西，我会尽量让你的项目知道。我主要通过 libtiff 和 vips 直接使用 Aperio .svs 文件。我将它们分解为 google map-compatbile z-x-y.png/jpg 并存储在文件系统中，如下所示：informatics.med.nyu.edu/virtualmicroscope/viewer/124（尽管我与它们无关）。
是的，纽约大学的那个东西看起来很酷。 vips 很棒，尽管它对大多数奇怪的格式无济于事。

【解决方案4】：

行业标准为DICOM Sup 145；虽然让供应商采用它一直很缓慢，但发明另一种格式可能没有帮助。

【讨论】：

【解决方案5】：

PNG 可能对你有用。它可以处理大图像、元数据，并且 PNG 格式可以有一些 interlacing，因此您可以很容易地获得（下降到？）一个 n/8 x n/8 下采样图像。

我不确定 PNG 是否可以进行快速随机访问。它是分块的，但这可能还不够。

您可以使用透明通道表示稀疏数据。

【讨论】：

【解决方案6】：

JPEG2000 可能值得一看，国家图书馆在这个领域做出了一些有趣的努力。

【讨论】：