【发布时间】：2021-04-23 11:20:44
【问题描述】：
我尝试使用包DHARMa 为glmmTMB 模型生成诊断图，但没有成功。 vignette 中的示例 1.1 给出：
owls_nb1 <- glmmTMB(SiblingNegotiation ~ FoodTreatment*SexParent +
(1|Nest)+offset(log(BroodSize)),
contrasts=list(FoodTreatment="contr.sum",
SexParent="contr.sum"),
family = nbinom1,
zi = ~1,
data=Owls)
plot(owls_nb1_simres <- simulateResiduals(owls_nb1) )
# Error in on.exit(add = TRUE, { : invalid 'add' argument
同样的情况发生在：
if (!require(RCurl)) install.packages('RCurl'); library(RCurl)
unicorns <- read.csv(text= RCurl::getURL("https://raw.githubusercontent.com/marcoplebani85/datasets/master/unicorns.csv"))
# simulated data, obviously
unicorns_glmmTMB <- glmmTMB(Herd_size_n ~ food.quantity
+ (1 + food.quantity | Locality)
+ (1 + food.quantity | Year_Month),
family="poisson",
data=unicorns)
plot(simulateResiduals(unicorns_glmmTMB))
# Error in on.exit(add = TRUE, { : invalid 'add' argument
如果我在lme4::glmer 中运行相同的模型：
unicorns_glmer <- glmer(Herd_size_n ~ food.quantity
+ (1 + food.quantity | Locality)
+ (1 + food.quantity | Year_Month),
family="poisson",
data=unicorns)
...并将其“喂”给：
plot(simulateResiduals(unicorns_glmer))
我获得了没有问题的诊断图（顺便说一下，我知道模型 unicorns_glmer 不是最理想的，可以改进）。
我正在使用：
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glmmTMB1.0.2.9000 版从 github 全新安装； -
DHARMa0.4.1 版； -
R3.6.3 版； - MacOS Sierra 版本 10.12.6。
有人遇到过同样的问题吗？有人知道怎么解决吗？
编辑：我的问题最初是关于包 performance 和 DHARMa 如何处理 glmmTMB 对象。为了集中和清晰起见，我删除了对包performance 的引用，从而使这个问题特定于glmmTMB 和DHARMa。
【问题讨论】：
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这是在 clean R 会话中吗？示例 1 在
DHARMa0.4.1、develglmmTMB对我来说工作正常（我可能没有安装 master 分支；我会再试一次，但如果这有什么不同我会感到惊讶）。我有 R (4.1.0+) 的开发版本，但如果这很重要，我会再次感到惊讶。最好的猜测是您在环境中定义了一个变量，在评估过程中会以某种方式混淆DHARMa。 -
...当我尝试运行
performance::check_model(unicorns_glmmTMB)时，我得到“没有适用于 '影响' 的方法应用于 'glmmTMB' 类的对象” -
我重新启动了 R，确保用
rm(list=ls())擦除它的内存，并加载了glmmTMB、DHARMa和performance。运行上面的代码后，我仍然得到同样神秘的Error in on.exit(add = TRUE, { : invalid 'add' argument。然后我重复了该过程，但确保加载了小插图开头列出的所有包并且结果相同。 -
好的，我至少可以看到问题出在哪里（并且是最近的问题）。相关代码在这里：github.com/glmmTMB/glmmTMB/blob/master/glmmTMB/R/…。如果您恢复到
glmmTMB的 CRAN 版本，您能否确认问题会消失？ -
@BenBolker 我确认当使用 CRAN DHARMa 0.4.1 中的 glmmTMB 1.0.2.1 处理 glmmTMB 模型时没有问题，
Error in on.exit(add = TRUE, { : invalid 'add' argument消失了。相反，会出现一个不相关的错误（重新）：Error in .Call("FreeADFunObject", ptr, PACKAGE = DLL) : "FreeADFunObject" not available for .Call() for package "glmmTMB"这仅仅是因为 github 问题 #615 (github.com/glmmTMB/glmmTMB/issues/615) 已在 glmmTMB 1.0.2.9000 上得到解决，但尚未在 glmmTMB 1.0.2.1 上得到解决。
标签： r diagnostics glmmtmb