如何在 R 中运行 lmer 的诊断图？答案

【问题标题】：How do I run diagnostic plots for lmer in R?如何在 R 中运行 lmer 的诊断图？
【发布时间】：2013-10-08 19:26:58
【问题描述】：

我正在尝试在 lmer 模型上运行诊断图，但一直碰壁。我不确定我需要在这里提供多少信息，但这里是：

模型很简单：

best <- lmer(MSV_mm ~ Size_treat + (1|Rep) + (1|Patch) + (1|Trap), data= early_nopine).

MSV_mm 是数字（鼻孔长度），Size_treat 是具有 4 个级别的因子：连续、大、中和小。 Rep、Patch 和 Trap 是随机效果。

当我运行plot(best) 时，我收到以下错误消息：

"Error in as.double(y) : 
  cannot coerce type 'S4' to vector of type 'double'"

我认为这与lmer 函数有关。我已经在网络上进行了巨魔，但尚未找到此问题的答案。是lmer 吗？

【问题讨论】：

我认为你假设因为你可以在 lm 对象上运行 plot，你也可以对 lmer 对象执行此操作。请注意，有一个plot.lm，但没有一个plot.lmer 函数。
@SeñorO 他们假设正确：?plot.merMod。
@joran 当我加载lme4 时，我没有plot.merMod。此外，lmer 模型进入我机器上的plot.default。
@joran 我想那是 OP 的问题 - 我得到了同样的错误（来自xy.coords）
好的，我需要一个可重现的例子。从 CRAN 全新安装 lme4 1.0-4，这对我有用：library(lme4); fm1 <- lmer(Reaction ~ Days + (Days | Subject), sleepstudy); plot(fm1)。 plot.merMod 未导出，但您应该可以通过 lme4:::plot.merMod 看到它。缩写。 sessionInfo(): r-devel r63889, 32-bit linux, lme4_1.0-4 ;矩阵_1.0-14； lattice_0.20-23 ;编译器_3.1.0；网格_3.1.0； MASS_7.3-29； minqa_1.2.1 ; nlme_3.1-111 ; splines_3.1.0 ; tools_3.1.0

【解决方案1】：

我可以使用 lme4.0 重现此错误，这相当于 CRAN 的 lme4 的早期（1.0.0 之前）版本。如果您使用来自 CRAN 的最新 lme4（截至 2013 年 10 月的版本 1.0-4），应该会发生以下情况：

library(lme4)
fm1 <- lmer(Reaction ~ Days + (Days | Subject), sleepstudy)
plot(fm1)

虽然plot.merMod 没有导出，但它被记录在案（?plot.merMod），您可以通过lme4:::plot.merMod（或getAnywhere("plot.merMod")）看到它。

如果你想用早期版本的lme4 重现这个情节，你可以这样做：

augData <- data.frame(sleepstudy,fitted=fitted(fm1),resid=residuals(fm1))
library(lattice)
xyplot(fitted~resid,data=augData)

您应该考虑是否需要偏差残差（residuals() 的默认值）或 Pearson 残差（plot.merMod 的默认值）。

【讨论】：