没有使用 Spyder 的名为“dolfin”的模块

Question

我这辈子都做不到dolfinrunning 和Spyder。我一开始就是这么想的。我设法让它以某种方式运行，但不是以一种方便的方式。情况如下：

错误

conda activate fenics、spyder、from dolfin import *：No module named 'dolfin'。

什么有效

• conda activate fenics、python、from dolfin import *：首先工作。
• conda activate fenics、ipython、from dolfin import *：经过一些调整后工作。
• conda activate fenics、spyder、from dolfin import *：经过一些调整后工作。

到目前为止我做了什么

我使用 conda 建议的下载安装了 anaconda。

运行 conda create -n fenics -c conda-forge fenics、conda install fenics 和 conda activate fenics 来安装和激活 fenics 环境。

然后启动python 并执行from dolfin import * 工作。 :)

在ipython 中运行相同的命令不起作用。使用conda list我发现

    ...
    hdf5
    hypre
    icu
    isl
    jedi
    ...

列表中没有ipython，which 有python 和ipthon 产生

    /home/hannes/anaconda3/envs/fenics/bin/python
    /home/hannes/anaconda3/bin/python

因此，conda install ipython、ipython 和 from dolfin import * 也可以正常工作！ :)

运行 spyder 和 from dolfin import * 会引发与之前的 ipython 相同的错误：No module named 'dolfin'。也许 spyder 在 fenics 的环境中也不可用？ conda list ...不，不在那里。现在开始有趣的部分...:(。 conda install spyder 和 which spyder 产生

    /home/hannes/anaconda3/envs/fenics/bin/spyder

但是，运行spyder 会引发错误

    libGL error: unable to load driver: r600_dri.so
    libGL error: driver pointer missing
    libGL error: failed to load driver: r600
    libGL error: unable to load driver: r600_dri.so
    libGL error: driver pointer missing
    libGL error: failed to load driver: r600
    libGL error: unable to load driver: swrast_dri.so
    libGL error: failed to load driver: swrast
    Segmentation fault (core dumped)

这似乎是一些 opengl 问题。来自github issue 6968、conda install pyopengl 的解决方案没有帮助:(；仍然是相同的libGL 错误。所以，conda uninstall spyder，spyder至少还给了我spyder。

到目前为止我最好的线索

我尝试通过添加将模块添加到 PYTHONPATH

    export PYTHONPATH="$PYTHONPATH:/home/hannes/anaconda3/envs/fenics/lib/python3.6/site-packages/"

到.bashrc 并运行不在 fenics 环境中的 Spyder。没有成功，虽然我不确定我是否正确地执行了这一步。为什么，conda activate fenics、spyder 和 sys.path 吐了出来：

    /home/hannes/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/spyder
    /home/hannes/anaconda3/lib/python36.zip
    /home/hannes/anaconda3/lib/python3.6
    /home/hannes/anaconda3/lib/python3.6/lib-dynload
    /home/hannes/.local/lib/python3.6/site-packages
    /home/hannes/anaconda3/lib/python3.6/site-packages
    /home/hannes/anaconda3/lib/python3.6/site-packages/IPython/extensions
    /home/hannes/.ipython

由于这不起作用，我在运行 conda activate fenics、ipython 后得到了 from dolfin import * 工作

    import sys
    sys.path.append('/home/hannes/anaconda3/envs/fenics/lib/python3.6/site-packages')

由于这只是一个临时解决方法（我必须在每次启动 Spyder 时添加它）我对永久修复感兴趣。

如果有任何帮助，我将不胜感激 :)。

汉尼斯

Answer 1

(这里是 Spyder 维护者) 由于 Spyder 3.3.1（几天后发布），解决方案如下：

1. 激活您的环境

2. 在那里安装spyder-kernels 包，使用以下命令：

   conda install spyder-kernels=0.*

3. 也在那里运行（在系统终端中）

   python -c "import sys; print(sys.executable)"

   并复制该命令返回的路径。

4. 停用您的环境并从您的根或基础启动 Spyder。

5. 前往

   Tools > Preferences > Python Interpreter > Use the following interpreter

   并粘贴您在步骤 3 中获得的路径。

6. 启动一个新的 IPython 控制台并运行

   from dolfin import *

   它现在应该可以工作了。