【发布时间】：2014-12-06 00:34:44
【问题描述】：
当我运行以下代码时，Ipython Notebook 中出现错误提示 The kernel appears to have died. It will restart automatically.：
from sklearn.datasets import load_boston
import numpy as np
import pymc as pm
import pandas as pd
boston = load_boston()
features = ['INDUS', 'NOX', 'RM', 'TAX', 'PTRATIO', 'LSTAT']
df = pd.DataFrame(boston.data, columns=boston.feature_names)
X = np.array(df.ix[:, features])
y = boston.target
gamma = pm.Binomial('gamma', 1, 0.5, size=len(features))
var = pm.Lambda('var', lambda gamma=gamma: (1-gamma)*0.001 + gamma*10)
prec = pm.Lambda('prec', lambda var=var: 1.0/var)
b = pm.Normal('b', 0, prec)
int_ = pm.Normal('int_', 0, 0.01)
taue = pm.Gamma('taue', 0.1, 0.1)
mu = int_ + X[:,0]*b[0] + X[:,1]*b[1] + X[:,2]*b[2] + X[:,3]*b[3] + X[:,4]*b[4] + X[:,5]*b[5]
observed = pm.Normal('obs', mu, taue, observed=True, value=y)
M = pm.MCMC([observed, mu, int_, b, prec, var, gamma])
M.sample(10000, 500, 5)
pm.Matplot.plot(M)
如果它是相关的，我正在尝试从这个page（WinBUGS 代码，第 14 页）重现贝叶斯变量选择的示例。有时运行M.sample()时内核会失败，但大多数时候运行pm.Matplot.plot(M)时会出现错误
我也尝试使用ipython qtconsole，但结果是一样的。在ipython 中，它会导致分段错误。我正在使用带有 ipython 2.3.0、matplotlib 1.4.0、pandas 0.14.1、scikit-learn 0.15.2、pymc 2.3.4 和 python 2.7.8 的 conda 环境。我用 ipython 3.0.0 创建了一个新环境，但是这个问题仍然存在。
谁能重现这个问题？
更新：
我使用全新的 Anaconda 环境在 EC2 实例中尝试了这个示例，这是我能找到的唯一一个错误示例。我需要添加的唯一代码如下：
import matplotlib as mpl
mpl.use('Agg')
import matplotlib.pyplot as plt
因此，我基本上是在 ipython 中运行它：
import matplotlib as mpl
mpl.use('Agg')
import matplotlib.pyplot as plt
%run model
model 是一个文件，其中包含与我最初发布的完全相同的代码。错误有点改变。例如：
IndexError Traceback (most recent call last)
/home/ubuntu/model.py in <module>()
16 int_ = pm.Normal('int_', 0, 0.01)
17 taue = pm.Gamma('taue', 0.1, 0.1)
---> 18 mu = int_ + X[:,0]*b[0] + X[:,1]*b[1] + X[:,2]*b[2] + X[:,3]*b[3] + X[:,4]*b[4] + X[:,5]*b[5]
19 observed = pm.Normal('obs', mu, taue, observed=True, value=y)
20 M = pm.MCMC([observed, mu, int_, b, prec, var, gamma])
IndexError: index 0 is out of bounds for axis 1 with size -4611686018427387904
*** Error in `/home/ubuntu/anaconda/envs/env3/bin/python': double free or corruption (out): 0x00000000028a0b00 ***
Aborted (core dumped)
另一个：
In [5]: %run model
[-----------------100%-----------------] 10000 of 10000 complete in 17.7 sec/home/ubuntu/anaconda/envs/env3/lib/python2.7/site-packages/numpy/core/fromnumeric.py:2499: VisibleDeprecationWarning: `rank` is deprecated; use the `ndim` attribute or function instead. To find the rank of a matrix see `numpy.linalg.matrix_rank`.
VisibleDeprecationWarning)
Plotting int_
Plotting prec_0
Plotting prec_1
Plotting prec_2
Plotting prec_3
Plotting prec_4
Plotting prec_5
Plotting var_0
Plotting var_1
Plotting var_2
Plotting var_3
Plotting var_4
Plotting var_5
Plotting gamma_0
Plotting gamma_1
Plotting gamma_2
Plotting gamma_3
Plotting gamma_4
Plotting gamma_5
Plotting b_0
Plotting b_1
Plotting b_2
Plotting b_3
Plotting b_4
Plotting b_5
*** Error in `/home/ubuntu/anaconda/envs/env3/bin/python': double free or corruption (out): 0x00000000023dc940 ***
Aborted (core dumped)
再次，类似于上面的错误：
In [6]: %run model
[-----------------100%-----------------] 10000 of 10000 complete in 18.4 secPlotting var_0
*** Error in `/home/ubuntu/anaconda/envs/env3/bin/python': double free or corruption (out): 0x00000000035f0f10 ***
Aborted (core dumped)
这个发生得更早：
In [13]: gamma = pm.Binomial('gamma', 1, 0.5, size=len(features))
Segmentation fault (core dumped)
最后：
In [22]: M.sample(10000, 500, 5)
Segmentation fault (core dumped)
有时，代码会正确运行并生成多个图。作为比较，我还运行了 this example 和 this one 没有问题。
This是我在conda环境中安装的包列表。
【问题讨论】：
标签： ipython ipython-notebook pymc