如何在python中替换DICOM中的图像？

Question

我需要编辑保存为 dicom 的医学图像。我的目标是编辑、设置阈值并将新图像保存为黑白。

ds = pydicom.dcmread(filename)
png = Image.fromarray(ds.pixel_array)

我可以通过 ImageMagic 编辑并保存图像。接下来，我必须将包含图像的 ds.PixelData 替换为字节。这就是我这样做的原因：

imgAsBytes = png.tobytes()
ds.PixelData = imgAsBytes
plt.imshow(ds.pixel_array , cmap=plt.cm.bone)

这里我收到一个错误：

数据集中像素数据的长度（237568 字节）与预期长度（475136 字节）不匹配。数据集可能已损坏或像素数据处理程序可能存在问题。

所以我补充说：

imgAsByte+= img.tobytes()

结果是：

.dcm 中的图像被复制了四次，并且不是黑白的。为什么我保存为 dicom 的图像与 .png 不同？ 我试图解决这个问题的方法：

• 使用 cv2
• Open PIL image from byte file
• 更改 img.tobytes() 中的参数

.dcm 中有关原始图像的信息：

• len(ds.PixelData) = 475136
• len(ds.pixel_array[0]) = 464
• len(ds.pixel_array) = 512

保存为 .dcm 之前 .png 中的图像信息：

• img.size = (464, 512)
• img.mode = L
• len(imgAsByte) * 2 = 475136 # 乘以 2 后，我的长度与原始图像相同

Answer 1

大多数灰度 DICOM 图像（如 MR 和 CT 图像）每个像素使用 2 个字节（这可以在 BitsAllocated 标签中看到，通常为 16）。您的图像处理似乎为这些图像创建了每个像素 1 个字节 - 因此您必须调整各自的 DICOM 标记，至少 BitsAllocated 和 BitsStored，在这种情况下都必须设置为 8：

ds.BitsAllocated = 8
ds.BitsStored = 8

您可能还需要调整其他标签，具体取决于您的数据和用例。如果您有压缩图像（在您的示例中似乎不是这种情况），您必须自己压缩数据（这很容易出错，所以我不会这样做），或者更改 DICOM 图像中的编码。

如果你想将数据存储回 PACS，你必须做更多的事情来避免写入非法 DICOM，例如生成一个新的 SOP Instance UID，可能将 SOP Class 更改为 Secondary Capture，更改 Image Type 和一些其他标签 - 这在 SO 的其他问题中处理，所以我不会在这里讨论。