如何在 R 中从 Github 加载 .stan 文件

Question

我正在 Jupyter Notebook 中编写关于 STAN 的教程，以供在 Google Collaboratory 上使用。我在 Github 上有所有项目文件（数据、模型代码、结果..），我需要从 Github 加载 STAN 模型。在这个笔记本中，我使用 R 语言和 cmdstanr 包。我首先加载 rpy2 以在 .ipynb 中运行 R

    %load_ext rpy2.ipython

并且还要加载 cmdstanr 包：

    %%R 
    library(cmdstanr)

那么工作原理是将文件手动上传到 Google Collaboratory，然后加载它：

    %%R
    setwd('my_dir')
    file <- file.path("MyModel.stan")
    MyModel <- cmdstan_model(file)
    MyModel$print()

什么不起作用是在 Github 中加载文件。这是我尝试过的：

    %%R 
    MyModel_URL <- url("https://github.com/laurabustamante/individual_differences_analysis_stan/blob/main/TwoStep_ITC_covar.stan?raw=true") 
    MyModel_txt <- readLines(MyModel_URL)
    MyModel <- cmdstan_model(MyModel_txt)

我得到错误：

R[写入控制台]：初始化错误（...）：断言开启 'stan_file' 失败：文件不存在：'// 同时拟合模型 用于两步任务和跨期选择任务'。

R[写入控制台]：另外：R[写入控制台]：警告 留言：

R[写入控制台]：在 readLines(TwoStep_ITC_covar_stan_URL) 中： R[写入控制台]：R[写入控制台]：最后一行不完整 发现于 'https://github.com/laurabustamante/individual_differences_analysis_stan/blob/main/TwoStep_ITC_covar.stan?raw=true'

我尝试了许多其他方法，但我认为其中没有一种更接近解决方案。我在网上搜索，似乎找不到任何东西。

另外请注意，我已经能够使用以下代码在同一笔记本中从 Github 加载 .RDS：

    %%R
    ITC_con <- gzcon(url("https://github.com/IanEisenberg/Self_Regulation_Ontology/blob/master/Data/Complete_02-16-2019/Individual_Measures/discount_titrate.csv.gz?raw=true"))
    ITC_txt <- readLines(ITC_con)
    ITC_data_full <- read.csv(textConnection(ITC_txt))

感谢您的想法！

Answer 1

感谢 Hobo 的成功建议！此代码有效：

MyModel_URL <- url("https://github.com/laurabustamante/individual_differences_analysis_stan/blob/main/TwoStep_ITC_covar.stan?raw=true")
MyModel_txt <- readLines(MyModel_URL)
MyModel_tmpf <- write_stan_file(MyModel_txt)
MyModel <- cmdstan_model(MyModel_tmpf)

事实证明，使用 ?raw=true 您可以从 Github 获取元数据，但这是行不通的。