Matplotlib 按行创建直方图答案

【问题标题】：Matplotlib to Create histogram by RowMatplotlib 按行创建直方图
【发布时间】：2022-01-16 14:18:56
【问题描述】：

我有三个数组，它们基本上对应于基因表达值矩阵，然后是指定条件 ID 的列标签和指定特定基因的行值。我正在尝试定义一个函数，只需提供基因名称即可绘制直方图。

基本上我需要指定 YAL001C 并创建跨行值的直方图。我对 matplotlib 很陌生，我不知道该怎么做。是否与使用类似 np.where(gene = YAL001C) 参数有关？我想我只是不确定它在哪里适合 matplotlib 的代码。

我目前有以下代码，但它不起作用：

def histogram(gene):
    fig = plt.figure()
    ax = fig.add_subplot(1, 1, 1)
    x = np.where(geneList == gene, exprMat)
    bins = 50
    ax.hist(x, bins, color = 'green', edgecolor = 'black', alpha = 0.8 )
    plt.show()

【问题讨论】：

直方图是指柱状图吗？
如果是这样，您有两个问题：（1）如何识别/提取行，（2）如何制作条形图。这两个网站都被问过很多次了。

标签： numpy matplotlib

【解决方案1】：

这是您可以实现的方法之一（将与相应行相关的数据传递给方法）：

import numpy as np
import pandas as pd
import matplotlib.pyplot as plt

data = np.array([[0.15, -0.22, 0.07],
                 [-0.07, -0.76, -0.12],
                 [-1.22, -0.27, -0.1],
                 [-0.09, 1.2, 0.16]
                ])
df = pd.DataFrame(data=data, 
                  index=['YAL001C', 'YAL002W', 'YAL003W', 'YAL004W'], 
                  columns=['cln3-1', 'cln3-2', 'clb'])
print(df)

def plot_hist(gene):
    fig, ax = plt.subplots(1,2, figsize=(9,4))
    ax[0].bar(df.columns, df.loc[gene])
    ax[1].hist(df.loc[gene])
    plt.show()
    
plot_hist('YAL001C')

左：条形图，右：直方图

【讨论】：

我实际上是在尝试定义一个函数，该函数采用基因名称并提供跨行的直方图。这不是一个函数，是垂直向下的。
我相应地添加了一个功能，但不知道您所说的“......垂直向下”是什么意思。您需要水平条形图吗？此外，绘制直方图对于三个数据点没有多大意义。我假设你在每一行都有更多的数据点......
这只是数据的一个sn-p。一共86个专栏，这里就不贴了。直方图需要反映整个行的值。如果我可能会问，我将如何在不使用 pandas 模块的情况下做到这一点？我试图只使用 numpy 编写一个函数，但遇到了与选择特定基因相关的问题。我试图对子集进行子集化，但无法使用字符串值这样做。
我决定保留这个解决方案，以防将来可以帮助其他人。我添加了另一个解决方案而不使用 pandas 来满足您的要求。

【解决方案2】：

如果你想避免使用 pandas，你仍然可以使用 numpy 完成你想要的，但是你需要添加一些代码来确定对应的行给定的基因。这是您可以对其进行编码的方法之一：

import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt

data = np.array([[0.15, -0.22, 0.07],
                 [-0.07, -0.76, -0.12],
                 [-1.22, -0.27, -0.1],
                 [-0.09, 1.2, 0.16]
                ])

def plot_hist(gene):
    
    list_genes = ['YAL001C', 'YAL002W', 'YAL003W', 'YAL004W']
    if gene in list_genes:
        sn_gene = list_genes.index(gene)
    else:
        print(f'{gene} is not in the list of genes')
        return
    fig, ax = plt.subplots(figsize=(6,4))
    plt.hist(data[sn_gene,:])
    plt.title(f'gene: {gene}')
    plt.show()
    
plot_hist('YAL001C')

【讨论】：