使用 Cython 包装返回 MPI 通信器的 C++ 函数答案

【问题标题】：Wrap C++ function that returns MPI communicator using Cython使用 Cython 包装返回 MPI 通信器的 C++ 函数
【发布时间】：2015-05-13 09:13:50
【问题描述】：

我正在尝试包装一个不接受任何输入并返回 MPI 通信器的 C++ 函数。

Foo.h

class Foo{
 public:
  Foo(MPI_Comm _comm){
   _comm = comm;
  }
  MPI_Comm getMPIComm(){
   return comm
  }
  virtual void Foo1() = 0

我尝试了以下方法：

source.pyx

cimport mpi4py.MPI as MPI
from mpi4py.libmpi cimport *

cdef extern from  Foo.h:
   cdef cppclass Foo:
      Foo(MPI_Comm _comm)
      MPI_Comm getMPIComm()
      void Foo1() 

cdef class pyFoo:
   cdef Foo *thisptr
   def __cinit__(self,MPI.Comm _comm):
      pass
   def get MPIComm(self):
      c_comm = self.thisptr.getMPIComm()
      return <MPI.Comm> c_comm
   def Foo1(self):
      pass

此代码已编译，我能够编写继承此类的 python 代码。但是，当我尝试在python级别访问getMPIComm时，遇到了segmentation fault，valgrind给出的错误是：

Access not within mapped region at address 0x8

这是否意味着我没有正确包装 getMPIComm() ？有谁知道我应该如何处理它？

【问题讨论】：

标签： python c++ mpi cython mpi4py

【解决方案1】：

我认为您永远不会分配*thisptr，因此在尝试调用getMPIComm 时会遇到访问冲突。尝试如下创建Foo 实例：

cdef class pyFoo:
   cdef Foo *thisptr
   def __cinit__(self,MPI.Comm _comm):
      self.thisptr = new Foo(_comm)
   # ...

【讨论】：

我不确定在这种情况下如何分配 *thisptr 因为纯虚函数 Foo1 并且当我尝试进行指针分配时它会引发编译错误。这应该发生吗？
@user279545：是的，没错。您不能实例化抽象类。但是你根本不能使用this-指针。也许您应该包装一个可以实例化的Foo 的子类。另一种方法是将Foo1 的签名更改为virtual void Foo1() = {}。这取决于您的需求。
如果我想在这种情况下包装一个 [Foo] 的子类，我该怎么做呢？我对 cython 还是很陌生，并试图弄清楚。
即使在 C++ 中也无法获得 Foo 的实例，因为它是抽象的。这意味着应该有其他类继承自Foo。而不是包装 Foo 本身，您可以像上面尝试的那样简单地包装子类。在这种情况下它会起作用，因为您可以实例化thisptr。