开放式 MPI 中是否可以使用运行时结构？答案

【问题标题】：Are run time structs possible in open MPI?开放式 MPI 中是否可以使用运行时结构？
【发布时间】：2019-12-20 07:19:21
【问题描述】：

我正在尝试使用 Open MPI 的 Java 绑定创建自定义数据类型（我称之为 AttribStruct），但是当我尝试运行该程序时遇到了 invalid datatype 错误。我怀疑这是因为结构中数组的维度是在运行时确定的。

我的目标是在每个 send 和 recv 操作中发送 n 个 AttribStruct 缓冲区。因此，我将所有 n 单个缓冲区连接到一个大缓冲区中，以便将它们全部发送到一起。然后接收端解构缓冲区。

下面是 AttribStruct 类

public class AttribStruct extends Struct {

    // Pointers to  the objectives, variables, and constraints
    private final int objectives;
    private final int variables;
    private final int constraints;

    // an int that represents a boolean for whether the objectives are valid (1 true, 0 false)
    private final int validObjectiveFunctionsValues;
    private final int validConstraintsViolationValues;

    public final int objCount;
    public final int varCount;
    public final int constrCount;

    public AttribStruct(int objCount, int varCount, int constrCount) {
        this.objCount = objCount;
        this.varCount = varCount;
        this.constrCount = constrCount;
        this.objectives = addDouble(this.objCount);
        this.constraints = addDouble(this.constrCount);
        this.variables = addDouble(this.varCount);

        this.validObjectiveFunctionsValues = addInt();
        this.validConstraintsViolationValues = addInt();

    }

    @Override
    protected Data newData() {
        return new Data();
    }

    public class Data extends Struct.Data {

        /*
         * Getters go here
         */


        /*
         * Setters go here
         */

    } // End -- Data

}

下面是我发送多个结构的示例：

AttribStruct attr = new AttribStruct(4, 3, 0);
/*
 * Build buffer goes here
 */
attr.getType().commit();
MPI.COMM_WORLD.iSend(toSend, n, attr.getType(), target, 0);
attr.getType().free();

其中toSend 是n 连接在一起的不同 AttribStruct 缓冲区，n 是我发送的属性结构的数量，attr 是 AttribStruct 类的一个实例，target 是我正在与之通信的节点，0 只是一个占位符。

以下是目标节点接收消息的粗略示例：

AttribStruct attr = new AttribStruct(4, 3, 0);
attr.getType().commit();
MPI.COMM_WORLD.recv(msgBuffer, n, attr.getType(), MASTER_RANK, 0);
attr.getType().free();
/*
 * Deconstruct buffer goes here
 */

但是，当我运行程序时，我收到以下错误消息：

[node01:13219] *** An error occurred in MPI_Recv
[node01:13219] *** reported by process [203161601,0]
[node01:13219] *** on communicator MPI_COMM_WORLD
[node01:13219] *** MPI_ERR_TYPE: invalid datatype
[node01:13219] *** MPI_ERRORS_ARE_FATAL (processes in this communicator will now abort,
[node01:13219] ***    and potentially your MPI job)

我的整体策略有意义吗？如果是这样，你能帮我弄清楚我做错了什么吗？如果您需要更多详细信息，请告诉我，因为我省略了一些代码以减少混乱。

【问题讨论】：

标签： java c openmpi