【问题标题】:error in using "qsub" when allocating nodes分配节点时使用“qsub”时出错
【发布时间】:2015-10-24 15:45:01
【问题描述】:

我的脚本 (13-4.sh) 是:

#!/bin/sh
#PBS -N sample
#PBS -l nodes=4:ppn=64
#PBS -q batch
#PBS -o $HOME/qpms9-2/out/14-4.out
#PBS -e $HOME/qpms9-2/error/14-4.out
#PBS -l walltime=100:00:00
mpirun $HOME/qpms9-2/run_mpi $HOME/qpms9-2/14-4 -l 14 -d 4

当我写这个命令时:qsub 13-4.sh
答案如下: qsub: 作业超出队列资源限制 MSG=无法满足队列最大节点要求

我的集群有 10 个节点(每个节点 64 个核心)

【问题讨论】:

  • 节点配置:节点:10 个节点,性能:10 Tflops CPU:AMD 2.8Ghz 和每个节点中的 64 个内核 RAM:128GB 通信:以太网 可用软件:1- Dlpoly 2- espresso 3- 游戏 4 - gaussian 5- Gromacs 6- java 7- lammps 8- mathematica 9- Matlab 10- mpi test 11- namd 12- octave 13- siesta 14- OpenMp test 15- tophat-c​​ufflinks

标签: mpi cluster-computing qsub


【解决方案1】:

这可能是您的调度程序的问题。我不知道你有哪一个,但你应该搜索相关文档和设置,看看是否有一个设置限制了每个用户的最大节点数。如果你输入

/sbin/service pbs status

您可以通过检查哪些服务正在运行来找到您正在使用的调度程序。流行的调度程序是 pbs_sched、maui 和 moab。

我还要确保所有 10 个节点都在线。您也许可以使用

进行测试
pbsnodes

取决于您的集群的配置方式。此外,您应该检查批处理队列是否存在并且没有固定保留。

【讨论】:

  • 作为一个副节点,超级用户引用的人可能会更快/更好地回答这些类型的问题
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