我想使用 LSF 提交一份工作：
在没有 LSF 的情况下，我会简单地在 4 个节点上使用 mpi 启动，例如：
mpirun -hosts host1,host2,host3,host4 -np 4 ./myprocess --numthreads=12
但是，在有 LSF 的情况下，我不知道该怎么做？我确信可能有一种非常标准的方法可以做到这一点，但我对 LSF 还是很陌生。我四处搜索，但答案对我来说并不是很明显。我找到了 Hybrid MPI/OpenMP in LSF ，但似乎不太一样，似乎一次只需要一个主机。
【问题讨论】：
标签： multithreading mpi openmp distributed-computing lsf
您链接到的另一个问题正是您所需要的，但您必须稍微调整一下，因为它是为线程数由 OMP_NUM_THREADS 环境变量控制的 OpenMP 应用程序编写的。
这是作业脚本中最重要的部分：
#BSUB -n 4 - 请求 4 个插槽#BSUB -R "span[ptile=1]" - 请求每个节点分配一个槽；此选项与前一个选项相结合，将作业跨越 4 个不同的节点，并指示 LSF 在生成的主机文件中为每个主机放置一个插槽#BSUB -x - 请求对节点的独占访问权上述三个选项将指示 LSF 分配 4 个节点，并在每个节点上保留一个插槽。由于还请求独占访问，因此没有其他作业将与该作业共享相同的节点，并且您可以在每个节点上启动任意数量的线程。然后，您只需调用 Open MPI 的 mpiexec，如果 LSF 集成已在您的 Open MPI 设置中编译，它将自动从 LSF 获取主机列表并为每个节点启动一个进程。
示例 LSF 作业文件如下所示：
#BSUB -n 4
#BSUB -R "span[ptile=1]"
#BSUB -x
mpiexec -np 4 ./myprocess --numthreads=12
确保您还使用-W 选项请求足够的运行时间，并使用-M 选项请求足够的内存量。 每个插槽请求 LSF（以及大多数其他分布式资源管理器）中的内存，因此您应该指定 ./myprocess 的任何实例将消耗的最大内存量。
如果 LSF 集成未在您的 Open MPI 发行版中编译，则该过程会涉及更多，因为您必须解析 LSF 主机文件并从前者创建一个 Open MPI 主机文件。
【讨论】：
-n 48 和-R "span[ptile=12]"？这不是更直接而且不需要-x吗？
span[ptile=12]，每个进程只能指定 1/12 的节点内存（LSF 应用内存限制作为软 RSS 大小限制）。
虽然我已经接受 Hristo 的回答是正确的，但这是我最后所做的，它避免了使用“-x”、-W 和 -M 的问题，并且与我的系统管理员告诉我的一致：
#!/bin/bash
machinefile="$(mktemp)"
n=0
cmdstring="mpirun -machinefile ${machinefile} "
for host in $LSB_MCPU_HOSTS; do {
if [[ $host != 12 ]]; then {
echo $host>>$machinefile
n=$(($n+1))
} fi
} done
echo $n
echo $@
mpirun -machinefile ${machinefile} -np $n $@
你使用这个脚本，假设它叫做'lsfrun.sh'：
bsub -n 48 -R "span[ptile=12]" ./lsfrun.sh ./myprocess --threads 12
【讨论】：