mpi4py 安装期间对“sec_set_context”的未定义引用答案

【问题标题】：undefined reference to `sec_set_context' during mpi4py installmpi4py 安装期间对“sec_set_context”的未定义引用
【发布时间】：2021-10-07 07:54:13
【问题描述】：

我在 centos7 系统上使用 pip 使用命令 pip3 install mpi4py 安装 mpi4py。

我收到此错误：

/glade/u/apps/ch/opt/openmpi/4.0.5/intel/19.0.5/bin/mpicc _configtest.o -L/glade/u/apps/ch/opt/python/3.7.9/gnu/9.1.0/lib -Lbuild/temp.linux-x86_64-3.7 -Wl,--enable-new-dtags,-R/glade/u/apps/ch/opt/python/3.7.9/gnu/9.1.0/lib -o _configtest
/usr/lib64/gcc/x86_64-suse-linux/4.8/../../../../x86_64-suse-linux/bin/ld: /opt/pbs/lib/libpbs.so.0: undefined reference to `sec_set_context'
failure.
removing: _configtest.c _configtest.o
error: Cannot link MPI programs. Check your configuration!!!
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有人有什么建议吗？

【问题讨论】：

/opt/pbs/libs 中还有其他库吗？您似乎忘记链接某些内容，而这与 MPI 无关。
肯定有：查看警告：/opt/pbs/lib/libpbs.so.0: undefined reference to sec_set_context'` -- 我对 PBS 没有太多经验，听起来可能 OpenMPI 期望一些 PBS 库尚未包含在 user11328 中环境？
令人讨厌的是您的安装删除了有问题的源，否则我会说尝试手动构建它。您还可以在 libpbs.so 上运行 nm。查看缺少哪些库引用。

标签： mpi mpi4py

【解决方案1】：

在这种情况下，在 Cheyenne 的 HPC 集群上，您可能需要将这些参数添加到您的编译/链接命令 -L/opt/pbs/lib -Wl,-rpath,/opt/pbs/lib -lsec 或重新加载 ncarcompilers 模块。

尽管如此，对于您在我们的系统上遇到的任何类似问题，我建议您联系 NCAR 的 CISL 帮助台，因为有专门的团队可以帮助用户解决此类问题。

【讨论】：