尝试将 gdb 与 MPI 一起使用时自动加载被拒绝？

Question

我有一个可以串行运行的程序，但是当我尝试使用 openMPI 时，我收到了消息

 mpirun noticed that the job aborted, but has no info as to the process that caused that situation.

对于串行程序，我通过键入

来运行 valgrind

valgrind --leak-check=yes --tool=memcheck /workspace/MK/cmake/Project/buildagain/bin/Project -PR INPUT/chain.inp`

由于我通过键入./runProj.sh type.txt 并点击链接http://www.open-mpi.org/faq/?category=debugging#memchecker_run 连续运行程序 为了用 valgrind 运行 MPI，我输入了

mpirun -np 4 valgrind  /workspace/MK/cmake/Project/buildagain/bin/Project -PR INPUT/chain.inp

但是，输出很短，所以我看不到问题出在哪里

所以我尝试将 gdb 与 MPI 一起使用。我输入了

 mpirun -np 2 xterm -e gdb ../cmake/Project/buildagain/bin/Project

我得到以下输出

 [Thread debugging using libthread_db enabled]
  warning: File "opt/apps/ossw/applications/gcc/gcc-4.7/sl6/lib63/libstdc++.so.6.0.17-gdb.py" auto-loading has been declined by your 'auto-load safe-path' set to ...
To enable execution of this file add ...
line to your configuration file "h1/MK/.gdbinit"
 ....

当我输入 show auto-load safe-path 时，输出是

 List of directories from which it is safe to auto-load files is usr/share/gdb/auto-load:/usr/lib/debug:/usr/bin/mono-gdb.py

当我输入下面的内容时，我会得到与以前相同的输出：

 run -PR INP/Chain.inp -iex "set auto-load safe-path /usr/share/gdb/auto-load"

或

 run -PR INP/Chain.inp -iex "set auto-load safe-path /opt/apps/ossw/applications/gcc/gcc-4.7/sl6/lib63/libstdc++.so.6.0.17-gdb.py"

有人可以帮忙吗？

Answer 1

来自 mpirun 的 Xterm 的 GDB 是可能的，但是您的 mpi 实现可能会使这更难实现。

假设你有一个要调试的 hello-mpi：

$ mpiexec -np 4 xterm -e 'gdb hello-mpi'

使用 mpich，这将使我有四个 xterms 都在运行 gdb（正如您可以想象的那样，对于多个进程来说，这并不是非常实用。

我刚刚使用最近的 OpenMPI 进行了尝试，得到了相同的结果。

但这不是你的问题，因为你已经尝试过了。您的问题是您的库位于 GDB 不希望看到的地方。以下是我更新自动加载安全路径的方法：

在 ~/.gdbinit 的顶部有几行：

add-auto-load-safe-path /home/robl/work/mpich/code_toybox
add-auto-load-safe-path /home/robl/work/build/mpich/src/mpi/romio/test
...

这会创建一个 GDB 期望找到 .gdbinit 文件的位置的白名单

（顺便说一句，您可能也想在其中设置“设置断点挂起”）

Answer 2

我认为问题在于您试图从 mpirun 内的 xterm 内启动 gdb，我会说您不能这样做。但我从未将 X 与 mpi 一起使用。也不是 gdb 。

您可以使用gdb 到attach 来运行进程。因此，使用 mpirun 正常启动您的程序，找到进程 ID 并使用gdb <progname> <pid> 附加到它。如果您这样做并且仍然出现加载错误，请编辑问题，我将删除此答案，也许其他人会提供帮助。

如果它可以工作，或者因为程序在您附加到它之前终止而失败，您需要在开始处放置一个暂停循环。通常处理这个问题的方法是在程序开始时暂停程序，直到您使用调试器并更改标志为止。调用pause 并以这种方式定义该函数：

pause() { 
 int pause;
 struct timeval tv = {1,500000}; /* 1.5 seconds */
 while (pause==1) { select(0,NULL,NULL,NULL,&tv); }` 
}

你也可以做一个 MPI-BARRIER，但问题可能是 MPI_INIT 失败或做一些奇怪的事情。如果没问题，你可以像睡眠功能一样使用屏障。您也可以使用 node-id 仅在要调试的节点上暂停。