我在我的 linux 机器上安装了 Rmpi，它在 R 中成功加载。我的机器上有两个版本的 MPICH，我（相信）已经安装了最新版本的 Rmpi。我还必须更新我的LD_LIBRARY_PATH。我主要按照安装说明here.
在 R 中加载 Rmpi 后，我运行 mpi.spawn.Rslaves(nslaves=4) 并收到以下错误消息：
Error in mpi.spawn.Rslaves(nslaves = 2) :
You cannot use MPI_Comm_spawn API
有人知道我怎样才能让 Rmpi 工作吗？
谢谢！
【问题讨论】：
标签： linux r parallel-processing mpi
您需要使用 MPICH2 来获得生成支持。如果您安装了 MPICH2，您可能仍需要在安装 Rmpi 时指定--with-Rmpi-type=MPICH2。如果你改用--with-Rmpi-type=MPICH，它会禁用mpi.spawn.Rslaves等功能。
另外请注意，MPICH2 显然不支持生成worker，除非程序是使用诸如mpiexec 之类的命令启动的。这基本上意味着您不能使用 MPICH2 从交互式 R 会话中执行mpi.spawn.Rslaves，尽管使用 Open MPI 可以做到这一点。需要明确的是，这不是您报告的问题，但在您使用 MPICH2 正确安装 Rmpi 后，您可能会遇到此问题。
我能够使用 MPICH 3.1.3 通过以下命令安装 Rmpi 0.6-5：
$ R CMD INSTALL Rmpi_0.6-5.tar.gz --configure-args='--with-mpi=$HOME/mpich-install --with-Rmpi-type=MPICH2'
要调试配置问题，您应该从目录而不是 tar 文件安装 Rmpi。这将允许您在之后检查“config.log”文件，该文件将提供重要信息。以下是我在我的 Linux 机器上的做法：
$ tar xzvf Rmpi_0.6-5.tar.gz
$ R CMD INSTALL Rmpi --configure-args='--with-mpi=$HOME/mpich-install --with-Rmpi-type=MPICH2'
为了获得 spawn 支持，在 Rmpi 中编译 C 代码时需要定义 MPI2 宏。您可以通过在 config.log 中搜索“PKG_CPPFLAGS”来检查是否发生这种情况：
$ grep PKG_CPPFLAGS Rmpi/config.log
PKG_CPPFLAGS='-I/home/steve/mpich-install/include -DMPI2 -DMPICH2'
我发现“config.log”对于调试配置和构建问题非常有用。
请注意，您可以在没有 spawn 支持的情况下使用 Rmpi。您需要使用 mpirun（或 mpiexec 等）启动所有工作程序，使用 mpi.apply、mpi.applyLB 等函数将更加困难，如果不是不可能的话。但如果您只需要要初始化 MPI，以便您可以从 C 或 Fortran 实现的函数中使用 MPI，您可能需要通过 mpirun 启动所有工作程序。
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