【发布时间】：2017-08-12 10:23:27
【问题描述】：
需要有关此 Fortran MPI 问题的帮助。试图从二维数组的不同列中收集数据。问题是没有使用每一行的所有数据，并且每个进程分配的列可能不相等。所有进程都从一个等效的全局数据视图开始，每个进程都应在特定列上执行工作，最后交换信息，以便所有进程再次共享公共视图。问题类似于MPI partition and gather 2D array in Fortran和Sending 2D arrays in Fortran with MPI_Gather
绘制示例：使用 3 MPI 进程的 data(8,4)
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| a1 | b1 | c1 | d1 |
| a2 | b2 | c2 | d2 |
| a3 | b3 | c3 | d3 |
| a4 | b4 | c4 | d4 |
| a5 | b5 | c5 | d5 |
| a6 | b6 | c6 | d6 |
| a7 | b7 | c7 | d7 |
| a8 | b8 | c8 | d8 |
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进程 1 将得到 2 列，进程 2 得到 1 列，进程 3 得到 1 列。
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| a1 | b1 | | c1 | | d1 |
| a2 | b2 | | c2 | | d2 |
| a3 | b3 | | c3 | | d3 |
| a4 | b4 | | c4 | | d4 |
| a5 | b5 | | c5 | | d5 |
| a6 | b6 | | c6 | | d6 |
| a7 | b7 | | c7 | | d7 |
| a8 | b8 | | c8 | | d8 |
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在实际问题中，实际大小是 data(200000,59)。这是一块预先分配的内存，我只使用了每列的一部分（总是从索引 1 开始）。例如，我只需要每列中的前 3 个值。
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| a1 | b1 | | c1 | | d1 |
| a2 | b2 | | c2 | | d2 |
| a3 | b3 | | c3 | | d3 |
| == | == | | == | | == |
| a4 | b4 | | c4 | | d4 |
| a5 | b5 | | c5 | | d5 |
| a6 | b6 | | c6 | | d6 |
| a7 | b7 | | c7 | | d7 |
| a8 | b8 | | c8 | | d8 |
----------- ------ ------
我正在尝试创建可用于完成此任务的发送和接收数据类型。到目前为止，我最好的猜测是使用 MPI_TYPE_VECTOR。 MPI_TYPE_VECTOR(COUNT, BLOCKLENGTH, STRIDE, OLDTYPE, NEWTYPE, IERROR)
为此将使用 MPI_TYPE_VECTOR(1, 3, 8, MPI_DOUBLE, newtype, ierr)。这应该允许每个进程发送最少的信息。有了这个，我想我应该可以用 ALLGATHERV 发送信息了。
MPI_ALLGATHERV（SENDBUF、SENDCOUNT、SENDTYPE、RECVBUF、RECVCOUNT、DISPLS、RECVTYPE、COMM、IERROR） 我在哪里使用 MPI_ALLGATHERV(data(1,my_first_col), num_cols_to_be_sent, newtype, data, RECVCOUNT[], DISPLS[], newtype, COMM, IERROR)
据我所知，这是每个进程应该发送的信息。
Process 1: [a1,a2,a3,b1,b2,b3]
Process 2: [c1,c2,c3]
Process 3: [d1,d2,d3]
我见过的例子要么使用整个数据列，要么位移自然是所需子数组的倍数。我无法将其解压缩到正确的列中。它不应该能够做到这一点，因为接收端了解类型的大小/范围。当然，我对整个范围的事情感到非常困惑。任何帮助，将不胜感激。真正的代码在工作，但这里是查看和 cmets 的快速娱乐（可能无法编译，只是快速制作）。
MODULE PARALLEL
INTEGER iproc, nproc, rank, ierr
INTEGER mylow, myhigh, mysize, ichunk, irem
INTEGER, ALLOCATABLE :: isize(:), idisp(:), ilow(:), ihigh(:)
DOUBLE PRECISION, ALLOCATABLE :: glob_val(:,:)
INTEGER newtype
END MODULE
PROGRAM MAIN
USE PARALLEL
IMPLICIT NONE
INCLUDE 'mpif.f'
c **temp variables
integer i, j
integer num_rows,num_cols
integer used_rows
c ----setup MPI----
call MPI_INIT(ierr)
call MPI_COMM_RANK(MPI_COMM_WORLD,rank,ierr)
call MPI_COMM_SIZE(MPI_COMM_WORLD,nproc,ierr)
iproc = rank+1 !rank is base 0, rest of fortran base 1
c ----setup initial data
integer num_rows=20 !contiguous in memory over rows (ie single column)
integer num_cols=11 !noncontiguous memory between different columns
integer
ALLOCATE (isize(nproc))
ALLOCATE (idisp(nproc))
ALLOCATE (ilow(nproc))
ALLOCATE (ishigh(nproc))
ALLOCATE (glob_val(num_rows,num_cols))
glob_val = 1.0*iproc !sent all glob values to process id
do i=1,num_cols
do j=1,used_rows
glob_val(j,i) = iproc+.01*j !add refernce index to used data
end do
end do
c ---setup exchange information
ichunk = num_cols/nproc
irem = num_cols -(ichunk*nproc)
mysize=ichunk
if(iproc.le.irem) mysize=mysize+1
mylow=0
myhigh=0
do i=1,nproc !establish global understanding of processes
mylow=myhigh+1
myhigh=mylow+ichunk
if(i.le.irem) myhigh=myhigh+1
isize(i)=myhigh-mylow+1
idisp(i)=(mylow-1) !based on receiving type size/extent
ilow(i)=mylow
ihigh(i)=myhigh
end do
mylow=ilow(iproc)
myhigh=ihigh(iproc)
call MPI_TYPE_VECTOR(1,used_rows,num_rows,MPI_DOUBLE,
& newtype,ierr)
call MPI_TYPE_COMMIT(newtype,ierr)
c --- perform exchange based on 'newtype'
!MPI_ALLGATHERV(SENDBUF, SENDCOUNT, SENDTYPE,
! RECVBUF, RECVCOUNT, DISPLS, RECVTYPE,
! COMM, IERROR)
call MPI_ALLGATHERV(glob_val(1,mylow),mysize,newtype
& glob_val,isize,iproc,newtype,
& MPI_COMM_WORLD,ierr)
c ---print out global results of process 2
if(iproc.eq.2) then
do i=1,num_rows
write(*,*) (glob_val(i,j),j=1,num_cols)
end do
end if
END program
【问题讨论】：
-
你的数据不就是
double precision吗？为什么要创建自定义 MPI 类型？ -
数据是双精度的。自定义类型用于创建仅包含我需要的数组数量的单一类型。例如，数组列中的 8 个值中的 3 个成为单个实体。之后，每个进程都被发送若干列。
标签： fortran 2d mpi derived-types