在本地使用 mpi 安装 fftw-2.1.5

Question

我正在尝试使用 --enable-mpi 标志在带有 linux 的 IBM 集群上安装 fftw-2.1.5 库，但此后我没有这样做。 我需要 fftw 版本 2.1.5，因为 GADGET2 代码需要该版本，并支持 mpi。

首先，我安装了 mpich-3.0.4：

cd ~/mpich-3.0.4
./configure --prefix=$HOME --enable-shared
make
make install

然后我编辑了我的 .bashrc 文件，添加：

export LD_LIBRARY_PATH="$HOME/lib"
PATH=$PATH:$HOME/bin

然后我尝试安装ffw：

./configure --prefix=$HOME/test --enable-mpi LDFLAGS=-L$HOME/lib CPPFLAGS=-I$HOME/include

但我收到一条错误消息：

checking for mpicc... mpicc
checking for MPI_Init... no
checking for MPI_Init in -lmpi... no
checking for MPI_Init in -lmpich... no
configure: error: couldn't find mpi library for --enable-mpi

我所有的 mpi 测试程序都可以正常工作，并且我能够在笔记本电脑上的 /usr/local 中安装所有东西。我试图搜索问题，但我发现我需要启用 LDFLAGS 和 CCPFLAGS，我已经这样做了。

有人知道如何解决这个问题吗？

编辑： 按照 francis 的建议，我使用了 CFLAGS 而不是 CPPFLAGS，并且通过了 ./compile 部分。但我在制作过程中收到另一个错误：

/opt/ibmcmp/vac/11.1/bin/.orig/xlc: 1501-208 (S) command option D is missing a subargument

这似乎是与 ibm 编译器 (xlc) 相关的问题。

编辑2： 通过将 mpicc 作为正确的编译器传递给带有 CC 标志的 ./configure 来解决。

对于记录，正确的命令是：

 ./configure --prefix=$HOME --enable-mpi --enable-type-prefix --enable-float LDFLAGS=-L$HOME/lib CFLAGS=-I$HOME/include CC=mpicc

（类型前缀和浮点数是 GADGET2 所需的额外选项）

Answer 1

序言

这是一个非常旧线程，但我目前正在使用相同的环境，上面介绍的解决方案本身并没有解决我的问题。然而，我对它的微小补充——最终解决了我的问题——在未来可能仍然对其他人有用和有用。 （另外，我对 GNU/Linux 还很陌生，所以我的回答对其他人来说可能是微不足道的。对此我很抱歉。）

在使用本地安装的 MPI（在我的情况下为 OpenMPI 3.1.3）安装 FFTW 2.1.5 和 3.3.9 失败一周后，同时不断回顾这个线程（和许多其他线程），我的工作解决方案“发现”是完全违反直觉的（至少对我来说，再次）。

原帖中的（必要但不充分的）步骤

原始帖子和编辑中的解决方案和细致的细节是必要的，但它们只需要一点点评论就足够了。这就是为什么我首先要写这个答案。您必须按照原始答案中 EDIT2 中的说明运行 FFTW2 和 FFTW3 的配置。

对于 FFTW2，命令是

./configure --prefix=/path/to/install \
            --enable-mpi \
            --enable-type-prefix \
            --enable-float \
            LDFLAGS=-L/path/to/mpi/lib CFLAGS=-I/path/to/mpi/include \
            CC=mpicc

FFTW3 是

./configure --prefix=/path/to/install \
            --enable-mpi \
            --enable-float \
            LDFLAGS=-L/path/to/mpi/lib CFLAGS=-I/path/to/mpi/include \
            CC=mpicc

（FFTW3 没有--enable-type-prefix 标志，前缀在每种情况下都会自动写入每个FFTW3 标头的开头）

注意：在我的情况下，将编译器显式指定为 CC=mpicc 对于 FFTW2 和 FFTW3 来说都是多余的，但对于其他人来说可能是必要的。

Linux的背叛$PATH

在最初的讨论中，其他人正确地提到，为了使用本地安装的头文件和二进制文件，您必须分别将它们添加到 $LD_LIBRARY_PATH 和 $PATH。当然，MPI 也是如此。 但是。至于我自己，作为一个艰难地发现它的 Linux 新手，这些信息本身是不够的。毫无疑问 - 并且不知道我即将为初学者准备一周的 Linux 地狱之旅 - 我将我的 $PATH 和 $LD_LIBRARY_PATH 变量更新为

PATH=$PATH:/path/to/mpi/bin
LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/path/to/mpi/lib

export $PATH
export $LD_LIBRARY_PATH

在会话结束时，这些变量将不复存在，因此您必须在此会话中使用它们，或者通过将这些行添加到您的 ~/.bashrc（或相应的 ~/...rc您正在使用的外壳）。我已经完成了上述所有操作，并且... FFTW 仍然无法检测到 MPI 库...

充分的附录

您看，上面的命令是完全有效的，这也是您通常向这些变量中的任何一个添加路径的方式之一。我们都做过很多次。我不熟悉 FFTW 的内在本质，但如果你把 path/to/mpi/... 放在 $PATH 或 $LD_LIBRARY_PATH 的末尾，它就不会找到它们。我不知道为什么，我什至不知道这是否是一种常见且微不足道的行为，所以不要问我这个特殊的异常。因此，如果您在完成上述所有操作后仍然遇到同样的问题，只需在路径和动态库路径的开头添加 MPI，如下所示：

PATH=/path/to/mpi/bin:$PATH
LD_LIBRARY_PATH=/path/to/mpi/lib:$LD_LIBRARY_PATH

export $PATH
export $LD_LIBRARY_PATH

是的。在为 GADGET2 和 GADGET4 以及其他软件设置环境一周的不断试验和错误之后，这个小改动就是解决方案。