c++x11 中的 RInside 和 Rcpp

Question

我想在 c++x11 代码中使用 RInside 来调用 R 例程。默认情况下，R 似乎安装了库的 c++98 版本，因此链接不成功。我想知道我应该执行哪些不同的步骤来安装 RInside 的 c++x11 版本（但我想我需要重新编译所有 R/R 包，是吗？）以及是否存在一些更简单的解决方案。在此先感谢（我在 MacO 上工作）

更新： 我重新安装了 Rcpp 和 RInside （我的 Makevars 是空的所以 c++98 版本）

 sudo R CMD INSTALL ~/Downloads/Rcpp_0.10.4.tar.gz 
 sudo R CMD INSTALL ~/Downloads/RInside_0.2.10.tar.gz

然后我使用 (no cx11) 编译 hello world 示例：

clang++ -I/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Headers/ -I/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/RInside/include/ -I/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/Rcpp/include/  -c ../src/Gui/test.cc -o testOut.cc.o

clang++ testOut.cc.o -o testOut -L/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/RInside/lib/x86_64 -L/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/Rcpp/lib/x86_64 -framework R -lRInside -lRcpp

这产生了我：

  Hello, world!

但是，通过添加 x11 选项：

clang++ -I/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Headers/ -I/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/RInside/include/ -I/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/Rcpp/include/  -c ../src/Gui/test.cc -o testOut.cc.o -stdlib=libc++ -std=c++11

clang++ testOut.cc.o -o testOut -L/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/RInside/lib/x86_64 -L/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/Rcpp/lib/x86_64 -framework R -lRInside -lRcpp -stdlib=libc++ -std=c++11

我得到（链接时）：

  Undefined symbols for architecture x86_64:
   "RInside::parseEvalQ(std::__1::basic_string<char, std::__1::char_traits<char>, std::__1::allocator<char> > const&)", referenced from:
  _main in testOut.cc.o
   "RInside::operator[](std::__1::basic_string<char, std::__1::char_traits<char>, std::__1::allocator<char> > const&)", referenced from:
  _main in testOut.cc.o
   "Rcpp::Environment::assign(std::__1::basic_string<char, std::__1::char_traits<char>, std::__1::allocator<char> > const&, SEXPREC*) const", referenced from:
        bool Rcpp::Environment::assign<char [15]>(std::__1::basic_string<char, std::__1::char_traits<char>, std::__1::allocator<char> > const&, char const (&) [15]) const in testOut.cc.o

使用 c++x11 选项重新编译 Rcpp 和 RInside 时

clang++ -I/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Headers/ -I/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/RInside/include/ -I/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/Rcpp/include/  -c ../src/Gui/test.cc -o testOut.cc.o -stdlib=libc++ -std=c++11

clang++ testOut.cc.o -o testOut -L/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/RInside/lib/x86_64 -L/Library/Frameworks/R.framework/Versions/2.15/Resources/library/Rcpp/lib/x86_64 -framework R -lRInside -lRcpp -stdlib=libc++ -std=c++11

喜欢是可以的，但 ./test 给了我一个段错误。

添加：我的clang版本是：Apple clang version 4.1 (tags/Apple/clang-421.11.66)

Answer 1

R 是用 c 编译器编译的。您不一定需要使用它来构建包。所以使用 clang 编译附加包是完全有效的。我的 ~/.R/Makevars 文件中有这个，可以使用 clang 和 C++11 进行打包：

CC=clang
CXX=clang++
CXXFLAGS= -stdlib=libc++ -std=c++11

另外，您可能想看看Rcpp11，这是一个以 C++11 为中心的 Rcpp 重新设计。分叉 RInside 以使用 Rcpp11 代替 Rcpp 可能不会太难。

Answer 2

我不知道不同的链接器要求。你所拥有的应该只是工作。否则，请显示您的实际链接步骤和错误，最好以可重现的方式显示，我也可以查看我的结果。

见证以下内容。我们首先使用默认标志构建：

edd@max:~/svn/rinside/pkg/inst/examples/standard$ grep ^CXXFLAGS ~/.R/Makevars
CXXFLAGS=             -g -O3 -Wall -pipe -Wno-unused -pedantic    # plain C++ 
edd@max:~/svn/rinside/pkg/inst/examples/standard$ make rinside_sample0
ccache g++-4.7 -I/usr/share/R/include \
  -I/usr/local/lib/R/site-library/Rcpp/include \
  -I/usr/local/lib/R/site-library/RInside/include -g -O3 -Wall \
  -pipe -Wno-unused -pedantic -Wall   \
  rinside_sample0.cpp  -L/usr/lib/R/lib -lR  -lblas \
  -llapack -L/usr/local/lib/R/site-library/Rcpp/lib -lRcpp \
  -Wl,-rpath,/usr/local/lib/R/site-library/Rcpp/lib \
  -L/usr/local/lib/R/site-library/RInside/lib \
  -lRInside -Wl,-rpath,/usr/local/lib/R/site-library/RInside/lib \
  -o rinside_sample0
edd@max:~/svn/rinside/pkg/inst/examples/standard$ ./rinside_sample0 
Hello, world!       
edd@max:~/svn/rinside/pkg/inst/examples/standard$ 

现在我只是将-std=c++11 添加到我的CXXFLAGS：

edd@max:~/svn/rinside/pkg/inst/examples/standard$ grep ^CXXFLAGS ~/.R/Makevars 
CXXFLAGS=             -g -O3 -Wall -pipe -Wno-unused -pedantic -std=c++11
edd@max:~/svn/rinside/pkg/inst/examples/standard$  

并重新制作二进制文件：

edd@max:~/svn/rinside/pkg/inst/examples/standard$ rm rinside_sample0  
edd@max:~/svn/rinside/pkg/inst/examples/standard$ make rinside_sample0
ccache g++-4.7 -I/usr/share/R/include \
 -I/usr/local/lib/R/site-library/Rcpp/include \
 -I/usr/local/lib/R/site-library/RInside/include \
 -g -O3 -Wall -pipe -Wno-unused \
 -pedantic -std=c++11 -Wall  \
  rinside_sample0.cpp  -L/usr/lib/R/lib -lR \
 -lblas -llapack -L/usr/local/lib/R/site-library/Rcpp/lib -lRcpp \
 -Wl,-rpath,/usr/local/lib/R/site-library/Rcpp/lib \
 -L/usr/local/lib/R/site-library/RInside/lib \
 -lRInside -Wl,-rpath,/usr/local/lib/R/site-library/RInside/lib \
 -o rinside_sample0 
edd@max:~/svn/rinside/pkg/inst/examples/standard$ ./rinside_sample0    
Hello, world!        
edd@max:~/svn/rinside/pkg/inst/examples/standard$  

要部署 C++11，您不需要新的编译器或项目。

只需在编译器标志中添加一个选项——就这么简单。

为了更清楚，我们还可以将这三行添加到rinside_sample0.cpp，使其成为一个 C++11 程序：

auto magic = 42;                    // C++11 
R["magic"] = magic;                    
R.parseEvalQ("print(magic)");     

并且（带有所需的-std=c++11 标志）它也可以构建和运行。在 Rcpp 或 RInside 端完全不需要更改，即可使用支持 C++11 的编译器部署它们。