【问题标题】:save_kable does not work after installing R v4.0.2安装 R v4.0.2 后 save_kable 不起作用
【发布时间】:2020-11-09 21:58:29
【问题描述】:

我之前已经成功使用来自 kableExtra 的save_kable() 将乳胶表导出到 *.png 中。但是,在将 R 更新到 4.0.2 版本后,save_kable 总是以 R 致命错误结束(没有显示特定的错误消息,会话只是中止)。我安装了一个干净的版本 o R 3.6.3,一切都正常了。

接下来,我重新安装了 MikTEX,但这似乎不是问题,因为 R Markdown 可以毫无问题地编织 .pdf 文件(在 4.0.2 版本中)。此外,使用带有“html”选项的 save_kable 可以正常工作并将表格导出为 .png。这个问题似乎是乳胶特有的。

查看sessionInfo(),唯一的区别是 R 3.6.3 会自动加载“magick”包,而 R 4.0.2 不会。但是,在后面的 R 版本中手动加载 magick 包并不能解决问题。然后,当然,会话在“编译器”包版本中有所不同。也许这就是问题的根源?

任何帮助将不胜感激。该问题可以用最少的代码重现,例如

kable(mtcars, "latex") %>%  save_kable("test.png")

这里是会话信息

R version 4.0.2 (2020-06-22)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows 10 x64 (build 19041)

Matrix products: default

Random number generation:
 RNG:     Mersenne-Twister 
 Normal:  Inversion 
 Sample:  Rounding 
 
locale:
[1] LC_COLLATE=English_United States.1252  LC_CTYPE=English_United States.1252   
[3] LC_MONETARY=English_United States.1252 LC_NUMERIC=C                          
[5] LC_TIME=English_United States.1252    

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] magick_2.4.0     kableExtra_1.1.0

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] Rcpp_1.0.5        rstudioapi_0.11   knitr_1.29        xml2_1.3.2        magrittr_1.5     
 [6] hms_0.5.3         rvest_0.3.5       munsell_0.5.0     viridisLite_0.3.0 colorspace_1.4-1 
[11] R6_2.4.1          rlang_0.4.7       stringr_1.4.0     httr_1.4.1        tools_4.0.2      
[16] webshot_0.5.2     xfun_0.15         htmltools_0.5.0   ellipsis_0.3.1    digest_0.6.25    
[21] tibble_3.0.3      lifecycle_0.2.0   crayon_1.3.4      readr_1.3.1       vctrs_0.3.2      
[26] glue_1.4.1        evaluate_0.14     rmarkdown_2.3     stringi_1.4.6     compiler_4.0.2   
[31] pillar_1.4.6      scales_1.1.1      pkgconfig_2.0.3  

【问题讨论】:

  • 直接向kableExtra 包的维护者发送电子邮件,几乎可以肯定最好的回答。另外,您的软件包 kableExtrawebshot 是最新的,即 R4.x 兼容吗?
  • 谢谢,我希望如果这是一个普遍的问题,更多的人会发现看到解决方案很有用。但是,我可以给作者发电子邮件并在此处发布答案。 kableExtrawebshot 都是 R (≥ 3.1.0),我安装了它们的最新版本。

标签: r latex kableextra miktex


【解决方案1】:

这似乎是特定于 Windows 的问题。我实际上只是在这里问了一个最近的问题 kableExtra HTML styling in Rmarkdown and kable_save() 那里列出了我所看到的一些潜在修复,例如更新 ghostscript、不使用 tinytext、更新一些乳胶包(包括“独立”)以及在 ImageMagick ImageMagick security policy 'PDF' blocking conversion 中编辑 policy.xls 文档。

这些都不适合我,当我第二次尝试将乳胶格式保存为 png 时,我遇到了同样的崩溃问题。但是,其他一些 Windows 用户已经通过上述步骤获得了成功,所以不妨尝试一下,看看效果如何。

【讨论】:

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