如何使用命令行参数一起输入 fasta 文件和文本文件

【问题标题】：How can I input a fasta file and a text file together using command line argument如何使用命令行参数一起输入 fasta 文件和文本文件
【发布时间】：2020-02-29 02:49:16
【问题描述】：

我有一个 fasta 文件和一个文本文件，我想使用命令行参数来使用 python 输入我的文件。

我想使用类似的东西：

python3 myprogram.py --fasta_file test_seq.fasta --enzyme_file enzymes.fasta

【问题讨论】：

你只是想读入参数（例如fasta_file="test_seq.fasta"）还是真的用它们做点什么？
这个问题是否以任何方式特定于fasta？或者可以将问题改写为“如何使用 python 读取命令行参数？”

标签： python command-line argparse

【解决方案1】：

您需要使用 argparse，但我强烈建议您先阅读教程 (https://docs.python.org/3/howto/argparse.html)。

您所问问题的可能解决方案如下：

import argparse

parser = argparse.ArgumentParser()
parser.add_argument("--fasta_file")
parser.add_argument("--enzyme_file")

args=parser.parse_args()
with open(args.fasta_file, "r") as f:
fasta_data = f.readlines()

with open(args.enzyme_file,"r") as f:
enzyme_data=f.readlines()

【讨论】：

使用with 上下文管理器而不是open/close 是惯用的。上下文管理器需要更少的代码，并且对失败更健壮。
谢谢。我更正了代码。虽然焦点应该在 argparse 中。