在 MacOS/CRAN 上构建 R 包时包含 boost tokenizer.hpp 文件时出错答案

【问题标题】：Error in including boost tokenizer.hpp file when building R package on MacOS/CRAN在 MacOS/CRAN 上构建 R 包时包含 boost tokenizer.hpp 文件时出错
【发布时间】：2021-10-04 14:37:09
【问题描述】：

我在将我的 R 包发布到 CRAN 时遇到了问题，因为在包含 boost 库时出现了特定错误。包中我的一个 .cpp 文件的顶部是

#include <Rcpp.h>
#include <boost/tokenizer.hpp>
#include <boost/algorithm/string.hpp>
#include <algorithm>
#include <string>
#include <unordered_map>
#include <omp.h>
#include <vector>

// [[Rcpp::depends(BH)]]
// [[Rcpp::plugins(openmp)]]

在 MacOS 上运行检查时（通过rhub::check(platform = "macos-highsierra-release-cran")，我收到以下错误：

在 wgt_jaccard.cpp:6 包含的文件中： /Users/user2suimGYX/R/BH/include/boost/tokenizer.hpp:63:9：错误：'std::_1::wrap_iter' 类型的字段有私有构造函数 : 第一个(c.begin()), 最后一个(c.end()), f(f) { } ^

wgt_jaccard.cpp:117:19: 注意：在函数模板特化的实例化中 'boost::tokenizer<:char_separator std::__1::char_traits>, std::__1::__wrap_iter, std::__1::basic_string ::tokenizer<:internal::string_proxy preservestorage> >' 在这里请求标记器标记（y（i），sep）； ^

/Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Toolchains/XcodeDefault.xctoolchain/usr/include/c++/v1/iterator:1420:31：注意：此处声明为私有 _LIBCPP_INLINE_VISIBILITY __wrap_iter(iterator_type __x) _NOEXCEPT_DEBUG : __i(__x) {} ^

我的 Makevars 文件的内容是

PKG_CXXFLAGS = $(SHLIB_OPENMP_CXXFLAGS) -DBOOST_NO_AUTO_PTR
PKG_LIBS = $(SHLIB_OPENMP_CXXFLAGS)
CXX_STD = CXX11

我已尝试四处搜索，但找不到关于此错误的太多信息。完整包位于here。非常感谢任何帮助。

【问题讨论】：

我会尝试做一个更小的问题。创建一个只做标记器的一次性包，然后通过 RHub 在 macOS 上构建它。也许是头文件顺序，也许是什么——但 something 与我在 Linux 上用g++ 愉快地构建它的地方不同。
我又看了一遍——它与tokenizer 的模板化实例化有关，它与clang++ 摩擦的方式与g++ 不同。通常的补救措施是首先将Rcpp::StringVector 的元素放到普通的std::string 上，让Boost 咀嚼它。一会儿我给你发个 PR。
见这里：github.com/seunglee98/fedmatch/pull/2
非常感谢！这解决了它。请随时提交完整答案，我可以将其标记为正确。
感谢您的回答。也可以随意投票（就像我对你的问题所做的那样）（除非你（目前）13 的总业力阻止你这样做，我一直忘记这里的“他们的规则”是什么）。

标签： r boost rcpp r-package

【解决方案1】：

相对于您提供的the repo，我们发现需要进行两处更改：

首先，不要（无条件地）拥有#include <omp.h>，因为 OpenMP 可以是可选的，尤其是。在 macOS 上。一个简单的 #ifdef OPENMP 就可以完成这项工作。

其次，（可以说几乎难以理解）编译器消息与以下事实有关：tokenizer 的 Boost 类型/类被您通过直接从一个Rcpp::CharacterVector。去过那里，这样做了——更保守的方法是首先分配给std::string，然后然后传递它。

有了这两个变化，一切都很好，它也可以在clang++ 下编译在 macOS 上。

（现在已合并，谢谢）PR #2 有血腥的细节，但很短。

【讨论】：