system() 中的 Unix 管道在 R 中不起作用答案

【问题标题】：Unix piping in system() does not work in Rsystem() 中的 Unix 管道在 R 中不起作用
【发布时间】：2021-10-28 04:03:33
【问题描述】：

我正在使用 system() 命令在 R 中运行 Bash 命令，但每次我尝试将一个命令的结果通过管道传递到下一个命令（使用“|”）时，都会出现一些错误。

例如： system('grep ^SN bam_stats.txt | cut -f 2- | sed -n 8p | awk -F "\t" '{print $2}'') 返回错误：Error: unexpected '{' in "system('grep ^SN bam_stats.txt | cut -f 2- | sed -n 8p | awk -F "\t" '{"，如果我尝试删除 awk -F "\t" '{print $2}' 以便留下 system('grep ^SN bam_stats.txt | cut -f 2- | sed -n 8p')，我会得到以下信息：

/usr/bin/grep: 2-: No such file or directory

[1] 2

我必须继续删除它的一部分，直到我只剩下system('grep ^SN bam_stats.txt')，也就是没有留下任何管道，它才能工作。

这是我从中提取信息的文件“bam_stats.txt”中的一个示例：

SN  filtered sequences: 0
SN  sequences:  137710356
SN  is sorted:  1
SN  1st fragments:  68855178
SN  last fragments: 68855178
SN  reads mapped:   137642653
SN  reads mapped and paired:    137602018   # paired-end technology bit set + both mates mapped
SN  reads unmapped: 67703
SN  percentage of properly paired reads (%):    99.8

谁能告诉我为什么管道不工作？抱歉，如果这是一个愚蠢的问题。如果我应该提供更多信息，请告诉我。

提前谢谢你。

【问题讨论】：

R 中的system('echo hello | cat') 是否在标准输出上发出hello 或hello | cat？如果是前者，则管道受到尊重。
...stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/base/html/system.html 确实明确记录了system() 应该在 UNIXy 系统上的 R 中使用 /bin/sh，所以我们不需要担心 R 是否有一个名为 @987654336 的函数@ 这实际上并没有启动一个 shell。
现在，您的 original 错误更有意义 - 这是因为您试图将文字单引号放在单引号字符串中（所以为什么 awk 没有't work 是有道理的；如何在字符串中转义单引号是一个非常特定于语言的事情，你需要知道 R 的人来回答它）。
也就是说，system() 不使用 bash，它使用 sh。这个问题应该标记为sh，而不是bash。它们是两个不同的 shell，虽然 bash 主要是 POSIX sh 的超集，但这并不意味着它们完全兼容。
@G5W，是的，我指出了这一点above。这个问题并不奇怪。另一方面，system('grep ^SN bam_stats.txt | cut -f 2- | sed -n 8p') 的失败令人惊讶。

标签： r linux awk sh

【解决方案1】：

我不知道 R，但 system() 的 IF Rs 实现只是将它的参数传递给 shell，然后就标准 Unix 引用而言，您的示例

system('grep ^SN bam_stats.txt | cut -f 2- | sed -n 8p | awk -F "\t" '{print $2}'')

在引号内包含 2 个字符串，中间包含一个在引号外的字符串：

内部：grep ^SN bam_stats.txt | cut -f 2- | sed -n 8p | awk -F "\t"
外部：{print $2}
内部：<a null string>

因为'{print $2}' 周围中间的两个引号会结束第一个带引号的字符串，然后再开始第二个带引号的字符串。

如果您仍然使用 awk，则不需要 sed、grep 或 cut，尽管如此，请尝试以下操作：

system('awk -F"\t" "/^SN/ && (++cnt==8){print \$3}" bam_stats.txt')

【讨论】：

看起来system("awk -F'\t' '/^SN/ && (++cnt==8) {print $3}' bam_stats.txt") 也应该可以工作，这样可以避免$ 的额外转义。
@chepner true，但如果R 允许在其system() args 周围使用双引号，则为idk。例如，Awk 允许 system("foo") 但不允许 system('foo') ，并且 OP 显示 R 允许 system('foo') 所以我只是将其作为 idk 使用，无论是否允许 system("foo")。
tutorialspoint.com/r/r_strings.htm 至少建议您可以使用单引号或双引号来定义字符串。奇怪的是，在字符串中包含引号的 only 方法似乎是使用另一个。它没有提到任何类型的反斜杠转义。（我所知道的关于 R 的几乎所有内容都在此评论部分中，所以请对我所说的一切持保留态度。）
我想知道类似的事情，但没有进一步挖掘。