如何在bash中仅将某些数字保留在一个巨大的数字中？答案

【问题标题】：How to keep only certain numbers in a giant number in bash?如何在bash中仅将某些数字保留在一个巨大的数字中？
【发布时间】：2017-07-10 01:37:27
【问题描述】：

我有一个包含基因型的巨大文件。基本上，一行是一个基因座（或 SNP）和一列（所有数字连接在一起形成一个巨大的数字，但在一列中对齐的一个数字是 1 个个体。在这个例子中，我有 96 个数字连续所以96 人）。这是一个例子：

921212922222222212292222229222221222211222222222222219929222292222922229919922222222222222292292
929111221111111221191211222912222221111210229921222129929222291221921219929992122122222211292299
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222222221122122922122222112212212221222122221922999229222229222212992221222222221222222222222212
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222222921222222922292222122222922222229222122291299122922222229222922229229222219222292222122222

我只想在此处保留某些“列”，但由于它是一个数字，因此我需要将其剪切，将其放在不同的列中并将所有内容连接起来以具有相同的格式，但需要我需要的 2 列。

例如，如果我选择第 1 列和第 3 列，最终结果应该是：

我试过了（上面的数据在 output.geno 中）：

cat ~/Desktop/output.geno| awk '{ print $1 $3}'
echo ~/Desktop/output.geno | grep -o ""

如果你想玩，这里有一个玩具数据集：

echo "921212922222222212292222229222221222211222222222222219929222292222922229919922222222222222292292
929111221111111221191211222912222221111210229921222129929222291221921219929992122122222211292299
292222922212222122292222222222921122222222921219222222912222299199922222912222222222221222292229
222222221122122922122222112212212221222122221922999229222229222212992221222222221222222222222212
222222222292212221291112192222122121922122222122229212222221212212922221222122122912222922222111
222222921222222922292222122222922222229222122291299122922222229222922229229222219222292222122222" > ~/Desktop/output.geno

【问题讨论】：

标签： bash unix awk cut

【解决方案1】：

你可以使用cut:

cut -c 1,3 output.geno

给予：

【讨论】：

【解决方案2】：

试试：

awk '{print $1$3}' FS= output.geno

相当于：

awk 'BEGIN{FS=""}{print $1$3}' output.geno

您需要将FS（字段分隔符）设置为空

【讨论】：

【解决方案3】：

@M。 Beausoleil，@Try（虽然还没有测试过）：

awk '{print substr($0,1,1) substr($0,3,1)}'   Input_file

简单，取出第1位和第3位，打印出来。

【讨论】：