剪切列并附加到同一文件答案

【问题标题】：Cut Columns and Append to Same File剪切列并附加到同一文件
【发布时间】：2020-04-10 11:29:37
【问题描述】：

我正在使用 MacOS 上的制表符分隔文件。该文件包含 15 列和数千行。我想剪切第 1、2 和 3 列，然后将它们附加到第 11、12 和 13 列。我希望在管道中执行此操作，这样就不需要创建额外的文件。我发现的唯一帖子使用了命令 sponge，但我显然在 MacOS 上没有，或者它不在我的 BASH 中。

输入的 tsv 文件实际上是在同一行代码中生成的，

arbitrary command to generate input.tsv | cut -f1-3,11-13 | <Step to cut -f4-6 and append -f1-3> | sort > out.file

输入 tsv

chr1    21018   21101   A   B   C   D   E   F   G   chr1    20752   21209
chr10   74645   74836   A   B   C   D   E   F   G   chr10   74638   74898
chr10   75267   75545   A   B   C   D   E   F   G   chr10   75280   75917
chr4    212478  212556  A   B   C   D   E   F   G   chr4    212491  213285

所需的输出 tsv

chr1    21018   21101
chr1    20752   21209
chr10   74638   74898
chr10   74645   74836
chr10   75280   75917
chr4    212478  212556
chr4    212491  213285

【问题讨论】：

标签： awk append pipe cut

【解决方案1】：

使用perl 和awk：

代码

perl -pe 's/chr[0-9]+/\n$&/g' file | awk '/./{print $1, $2, $3}'

输出

chr1 21018 21101
chr1 20752 21209
chr10 74645 74836
chr10 74638 74898
chr10 75267 75545
chr10 75280 75917
chr4 212478 212556
chr4 212491 213285

【讨论】：

你好吉尔斯。有没有办法用粘贴管这个？这不太正确，但也许您会看到如何调整下面的粘贴命令？
arbitrary command to generate input.tsv | cut -f1-3,11-13 | paste <(cut -f1-3 test.bed) <(cut -f4-6 test.bed | sort > out.file

【解决方案2】：

这里是简短的awk 解决方案：

awk '{print $1, $2, $3, "\n" $1, $12, $13;}' input.tsv

输出：

chr1 21018 21101 
chr1 20752 21209
chr10 74645 74836 
chr10 74638 74898
chr10 75267 75545 
chr10 75280 75917
chr4 212478 212556 
chr4 212491 213285

说明

{ # for each input line
    print $1, $2, $3; # print 1st field, append 2nd and 3rd fields. Terminate with new line
    print $1, $12, $13; #print 1st field, append 12th and 13th field. Terminate with new line
}

【讨论】：