读取行时，awk $line 并写入变量

Question

我正在尝试根据第五个字段的值将文件拆分为不同的较小文件。一个非常好的方法是 already suggested 和 also here。

但是，我试图将其合并到 qsub 的 .sh 脚本中，但没有取得多大成功。

问题是在指定输出该行的文件的部分中，

即f = "Alignments_" $5 ".sam" print > f

，我需要传递一个在脚本前面声明的变量，它指定了应该写入文件的目录。当我为多个文件发送数组作业时，我需要使用为每个任务构建的变量来执行此操作。

所以说$output_path = ./Sample1

我需要写一些类似的东西

f = $output_path "/Alignments_" $5 ".sam"        print > f

但它似乎不喜欢有一个不属于 awk 的 $field 的 $variable。我什至不认为它喜欢在 $5 之前和之后有两个“字符串”。

我返回的错误是它需要拆分文件的第一行 (little.sam) 并尝试像这样命名 f，然后是 /Alignments_" $5 ".sam"（最后三个正确地放在一起）。它自然会说它太大了。

我怎样才能写出它才能工作？

谢谢！

awk -F '[:\t]' '    # read the list of numbers in Tile_Number_List
    FNR == NR {
        num[$1]
        next
    }

    # process each line of the .BAM file
    # any lines with an "unknown" $5 will be ignored
$5 in num {
    f = "Alignments_" $5 ".sam"        print > f
} ' Tile_Number_List.txt little.sam

更新，在 AWK 添加 -V 并声明变量 OPATH 之后

input=$1
outputBase=${input%.bam}

mkdir -v $outputBase\_TEST

newdir=$outputBase\_TEST

samtools view -h $input | awk 'NR >= 18' | awk -F '[\t:]' -v opath="$newdir" '

FNR == NR {
    num[$1]
    next
}

$5 in num {
    f = newdir"/Alignments_"$5".sam";
    print > f
} ' Tile_Number_List.txt -

mkdir: created directory little_TEST'
awk: cmd. line:10: (FILENAME=- FNR=1) fatal: can't redirect to `/Alignments_1101.sam' (Permission denied)

Answer 1

awk 变量就像 C 变量 - 只需通过名称引用它们即可获取它们的值，无需像使用 shell 变量那样在它们前面加上“$”：

awk -F '[:\t]' '    # read the list of numbers in Tile_Number_List
    FNR == NR {
        num[$1]
        next
    }

    # process each line of the .BAM file
    # any lines with an "unknown" $5 will be ignored
$5 in num {
    output_path = "./Sample1/"
    f = output_path "Alignments_" $5 ".sam"
    print > f
} ' Tile_Number_List.txt little.sam

Answer 2

要将$output_path 等shell 变量的值传递给awk，您需要使用-v 选项。

$ output_path=./Sample1/

$ awk -F '[:\t]' -v opath="$ouput_path" '    
    # read the list of numbers in Tile_Number_List
    FNR == NR {
        num[$1]
        next
    }

    # process each line of the .BAM file
    # any lines with an "unknown" $5 will be ignored
    $5 in num {
        f = opath"Alignments_"$5".sam"
        print > f
    } ' Tile_Number_List.txt little.sam

此外，您的脚本中仍然存在来自 previous question 的错误

编辑：

使用-v 创建的awk 变量是obase，但你使用newdir 你想要的是：

input=$1
outputBase=${input%.bam}
mkdir -v $outputBase\_TEST
newdir=$outputBase\_TEST

samtools view -h "$input" | awk -F '[\t:]' -v opath="$newdir" '
FNR == NR && NR >= 18 {
    num[$1]
    next
}    
$5 in num {
    f = opath"/Alignments_"$5".sam"   # <-- opath is the awk variable not newdir
    print > f
}' Tile_Number_List.txt -

您还应该将NR >= 18 移动到第二个awk 脚本中。