将在流程脚本中生成的文件的内容保存到 Nextflow 变量中

Question

我有一个 Nextflow 进程，它使用 bash 脚本 (check_bam.sh) 生成文本文件。该文本文件内容的唯一选项是 0 或任何其他数字。我想提取该 0 或其他值并将其保存到 Nextflow 变量中，以便能够使用条件，如果文件的内容为 0，则 Nextflow 脚本应该跳过一些进程，并且如果是其他任何不为零的数字，则应完全执行。我在使用 Nextflow 条件和将通道设置为空方面没有问题，但是在将脚本部分内部生成的值保存到 Nextflow 变量以使用外部进程的部分中。

生成0或其他数字的文件（result_bam.txt）的过程如下（我已经简化了，尽量清楚）：

process CHECK_BAM {

input:
path bam from channel_bam

output:
path "result_bam.txt"
path "result_bam.txt" into channel_check_bam

script:
"""
bash bin/check_bam.sh $bam > result_bam.txt
"""

我检查的是 BAM 文件中映射读取的数量，我想将该数字保存到 Nextflow 变量中，因为如果该数字为零，则执行应跳过以下大部分过程，但如果number 不为零，这意味着文件中存在映射读取，并且应按预期继续执行。

我认为也许使用cat result_bam.txt > $FOO 或FOO=``cat result_bam.txt` 可能是一个解决方案，但我不知道如何正确保存它，以便该变量在进程之间可用。

Answer 1

使用env channel 从FOO=``cat result_bam.txt 获取数据并将其转换为通道。

Answer 2

我的脑海中浮现的东西很少，希望我能很好地理解您的问题。 check_bam.sh 是否只计算 BAM 文件的行数？


我的第一个选择是检查您是否有可能，检查 BAM 文件是否包含来自您的管道的内容。这可能有用：countLines_documentation。在这里你应该小心，因为巨大的 BAM 文件会导致内存异常（countLines “加载”文件）。


第二种选择，也许更好，是将文件result_bam.txt 传递到通道channel_check_bam，然后，应该运行以下过程来判断文件内容（文件result_bam.txt 中的数字）是否大于0。所以，当您正在将此通道连接到其他进程，您应该将内容阅读为：

input:
  val bam_lines from channel_check_bam.map{ it.readLines() } // Gives a list of lines, so 1st line will be your number of mapped reads.

when:
  bam_lines[0].toInteger() > 0 

这种方式只有在result_bam.txt 中的数字大于 0 时才会运行。
我正在使用 DSL2 进行测试，因此代码可能需要一些小改动 - 但它可以工作。

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Cris Tuñí - 编辑：2021 年 8 月 24 日

感谢 DawidGaceck 的帮助，我可以编辑我的进程以仅在文件中的数字不为零时运行。我的代码如下所示：

process CHECK_BAM {

input:
path bam from channel_bam

output:
path "result_bam.txt"
path "result_bam.txt" into channel_check_bam_process1,
                           channel_check_bam_process2

script:
"""
bash bin/check_bam.sh $bam > result_bam.txt
"""

process PROCESS1 {

input:
  val bam_lines from channel_check_bam_process1.map{ it.readLines() } 

when:
  bam_lines[0].toInteger() > 0 

script:
"""
foo bar baz
"""

希望这可以帮助任何有相同问题或类似问题的人！