Nextflow 动态包含和输出

Question

我正在尝试使用动态包含，但管理输出文件时遇到问题：

/* 
 * enables modules 
 */
nextflow.enable.dsl = 2

include { requestData } from './modules/get_xapi_data'
include { uniqueActors } from './modules/unique_actors'
include { compileJson } from './modules/unique_actors'

if (params.user_algo) {
    include { userAlgo } from params.user_algo
}

workflow {
    dataChannel = Channel.from("xapi_data.json")
    requestData(dataChannel)
    uniqueActors(requestData.out.channel_data)

    if (params.user_algo) {
        user_algo = userAlgo(requestData.out.channel_data)
    } else {
        user_algo = null
    }

    output_json = [user_algo, uniqueActors.out]
    // Filter output
    Channel.fromList(output_json)
        .filter{ it != null }            <--- problem here
        .map{ file(it) }
        .set{jsonFiles}

    compileJson(jsonFiles)
}

问题是userAlgo可以动态加载。而且我不知道我该如何照顾它。使用此解决方案，我收到了 Unknown method invocation getFileSystem on ChannelOut type 错误。

Answer 1

问题在于fromList 需要一个值列表，而不是通道列表。如果您使用empty 频道而不是检查空值，您可以使用：

if( params.user_algo ) {
    user_algo = userAlgo(requestData.out.channel_data)
} else {
    user_algo = Channel.empty()
}

user_algo
    | concat( uniqueActors.out )
    | map { file(it) }
    | compileJson