R中的基本输入文件解析答案

【问题标题】：Basic input file parsing in RR中的基本输入文件解析
【发布时间】：2011-04-08 05:41:00
【问题描述】：

我习惯了 perl 和 R 新手。我知道您可以使用 read.table() 读取整个表，但我想知道如何使用 R 解析输入文件中的单行。

具体来说，相当于下面的perl sn -p：

open my $fh, $filename or die 'can't open file $filename';
my $line = <$fh>;
my ($first, $second, $third) = split ("\t", $line);

【问题讨论】：

标签： perl parsing file r

【解决方案1】：

与上述类似的是：

filename <- 'your/file/name/here'
fh <- file( filename, open='rt' )
line <- readLines(fh, n=1 )
tmp <- strsplit(line, "\\t")
first <- tmp[[1]][1]; second <- tmp[[1]][2]; third <- tmp[[1]][3]

file函数创建一个到文件的连接并打开它，打开是可选的，但是如果你不打开文件，那么当你从它读取时它会打开然后再次关闭文件，如果你打开文件然后它保持打开状态，下一次读取从前一次离开的位置继续（最接近 Perl 将在上面执行的操作）。

readLines 函数将读取指定的行数（本例中为 1）那么 strsplit 的工作原理与 Perl 的 split 函数基本相同。

R 没有像 Perl 那样的多重赋值（通常最好还是将结果放在一起，而不是拆分成多个全局变量）。

【讨论】：

一个警告——这会将整个文件加载到内存中并拆分其所有行。如果文件很大并且您只需要前三个元素，这肯定不是一个好主意。
对于小文件，它可能会读取整个内容，但对于较大的文件，它只会将部分内容读入内存，当您继续从文件中读取时，它会抓取额外的块。

【解决方案2】：

通常，您应该使用scan 来执行此操作，或者在更复杂的情况下，使用readLines 读取整个文件并使用strsplits、greps 等手动解析它。

在你的情况下：

scan(filename,character(0),nmax=3)->d
first<-d[1];d[2]->second;third<-d[3]

【讨论】：

【解决方案3】：

只是为了展示另一种方法（假设您的输入是“temp/3.txt”）：

> d <- read.csv("temp/3.txt", sep="\t", stringsAsFactors=F, header=F, nrows=1)
# Show the default column names:
> colnames(d)
[1] "V1" "V2" "V3"
# Assign the requested column names
> colnames(d) <- c("first", "second", "third")
# Show the current structure of d
> d
  first second third
1     1      2     3
# Probably not recommended: Add the columns of d to the search path
> attach(d)
> first
[1] 1
# Clean up:
> detach(d)

我想就解决您的问题而言，上面最重要的部分只是

nrows=1

告诉它解析一行输入。（在 read.csv 下面最终只是调用扫描。）

【讨论】：