perl 命令创建 matrix.txt

Question

我有一个来自爆炸输出的 txt 文件，其中包含每个查询及其命中及其百分比标识和分数，我需要转换为矩阵文件以创建热图 我使用了这个长命令：

perl -we "while (<>) {chomp; @col = split /\t/; push @{$score{$col[0]}{$col[1]}}, $col[2], $col[3]}  @array = keys %score; print join "\t", "", @array, ""."\n"; foreach $key (keys %score) {print "$key\t";  foreach $hit (@array) {if ($score{$key}{$hit}) {print "$score{$key}{$hit}[0]\t" } else {print "\t"} } print "\n" }"

但我收到一条评论：未加引号的字符串 "t" 可能与 -e 第 1 行的未来保留字发生冲突

生成的文件大小为 0 KB

非常感谢您的帮助

Answer 1

您需要在任何地方将"..." 替换为qq/.../，例如

"$score{$key}{$hit}[0]\t"

变成

qq/$score{$key}{$hit}[0]\t/

但是说真的，这是一段非常长的代码，可以放入单行代码中。把它放到一个文件中，比如说matrix.pl 并运行perl matrix.pl。这样一来，您的阅读和编辑会更容易，而且其他任何人都可以更好地帮助您

这是您的代码的正确布局版本

矩阵.pl

use strict;
use warnings 'all';

my %score;

while ( <> ) {
    chomp;
    my @col = split /\t/;
    push @{ $score{$col[0]}{$col[1]} }, $col[2], $col[3];
}

my @keys = keys %score;

print join "\t", "", @keys, "" . "\n";

for my $key ( @keys ) {

    print "$key\t";

    for my $hit ( @keys ) {

        if ( $score{$key}{$hit} ) {
            print "$score{$key}{$hit}[0]\t";
        }
        else {
            print "\t";
        }
    }

    print "\n";
}