为什么没有在prinseqlite perl循环中写入输出文件？答案

【问题标题】：Why is no output files written in prinseqlite perl loop?为什么没有在prinseqlite perl循环中写入输出文件？
【发布时间】：2019-01-29 11:15:21
【问题描述】：

我对这种类型的编码/命令行完全陌生，所以如果我以错误的方式问这个问题，我很抱歉。

我想遍历目录中的所有文件（我正在高质量修剪 DNA 测序文件（.fastq 格式））

我已经写了这个循环：

for i in *.fastq; do
perl /apps/prinseqlite/0.20.4/prinseq-lite.pl -fastq $i -min_len 220 -max_len 240 -min_qual_mean 30  -ns_max_n 5 -trim_tail_right 15 -trim_tail_left 15 -out_good /proj/forhot/qfiltered/looptest/$i_filtered.fastq -out_bad null; done

代码本身似乎可以工作，我可以在我的终端中看到它正在获取正确的文件并且正在进行修剪（它正在终端中写入摘要日志），但没有生成输出文件- 即这些：

-out_good /proj/forhot/qfiltered/looptest/$i_filtered.fastq

如果我以非循环方式运行代码，则仅在一个文件上运行（= 生成输出）。链接这个例子：

prinseq-lite.pl -fastq 60782_merged_rRNA.fastq -min_len 220 -max_len 240 -min_qual_mean 30  -ns_max_n 5 -trim_tail_right 15 -trim_tail_left 15 -out_good 60782_merged_rRNA_filt_codeTEST.fastq -out_bad null

对此有简单的原因/答案吗？

【问题讨论】：

"如果我以非循环方式运行代码" - 您使用的确切命令行是什么？
嗨，我编辑发布包括。有效的代码行 - 这是你的意思吗？
@melpomene 我认为她在单个文件上运行它，而不是$i EDIT：我看到它已被编辑。
@Mathilde 是的，他就是这么问的 :)
@GerhardBarnard 是的，但是怎么做？从编辑中您可以看到-out_file 参数完全不同（例如，没有_filtered）。

标签： perl file loops output sh

【解决方案1】：

这个问题和 Perl 完全没有关系。

/proj/forhot/qfiltered/looptest/$i_filtered.fastq 被 shell 读取为插入 i_filtered 的内容。没有这样的shell变量，所以这个参数变成/proj/forhot/qfiltered/looptest/.fastq（$i_filtered变成空）。

因此，您所有的prinseq-lite.pl 执行都将它们的输出放在同一个文件中，该文件（因为它的名称以. 开头）是“隐藏的”：您需要使用ls -a 来查看它，而不仅仅是@ 987654328@.

修复

... -out_good /proj/forhot/qfiltered/looptest/${i}_filtered.fastq

请注意，这会给您例如60782_merged_rRNA.fastq_filtered.fastq 用于60782_merged_rRNA.fastq 的输入文件。如果你想摆脱重复的.fastq 部分，你需要类似的东西：

... -out_good /proj/forhot/qfiltered/looptest/"${i%.fastq}"_filtered.fastq

【讨论】：

你们太棒了！ - 谢谢。我不能让“.fastq”的减少工作，但这真的是一件小事。