我能以某种方式避免给下标一个真实的文件吗？答案

【问题标题】：Can i somehow avoid giving a subscript a real file?我能以某种方式避免给下标一个真实的文件吗？
【发布时间】：2015-05-05 04:08:28
【问题描述】：

我必须为一个巨大的蛋白质组文件计算很多东西，如果我在数据集中有大约 30000 个蛋白质。我有一个脚本，其中有很多需要单个蛋白质文件的子脚本

在 perl 中：

my output = `somescript -do_something -with_this_single_protein_file`

我想问一下，有什么方法可以避免将数据集分成 30000 个文件，每个文件都包含一个蛋白质？也许在 Python 中有没有办法给 Popen 一个 stringIO、一个文件处理程序或其他东西？

谢谢，加博尔

【问题讨论】：

如果somescript 不接受- 作为读取标准输入的文件名，它是否接受/dev/stdin？
这不是有效的 Perl。也许my $output = ...;？
每个蛋白质真的有单独的下标吗？
使用一个 Perl 脚本来调用下标，并使用require 将它们拉入而不是通过exec 或shell 调用它们会更有效，这就是反引号做。您将调用 Perl 编译器一次而不是 30000 次。
我所做的事情是制作 30000 个文件，每个文件包含一种蛋白质，列出它们的名称，然后遍历它们，这样我就可以调用 my $output =`somescript -do_something n_th_protein`；我想避免制作 30000 个文件

【解决方案1】：

您可以使用 Bash 的process substitution 自动创建您需要的临时文件。

while(<DATASET>) {
   my $output = system("/bin/bash", "-c", "somescript -do_something -with_this_single_protein_file <(echo \"$_\")");
}

【讨论】：

那么为什么要使用 Perl 作为包装脚本呢？ while read -r protein; do somescript -do_something -with_this_single_protein_file <(echo "$protein"); done <dataset
@triplee 这样更好。我假设这应该是更大脚本的一部分。